教育部向广东省政府发出通知，正式同意建立南方科技大学。自2007年筹备以来，一场谋求践行自主办学理念的社会要求与国家教育权力把持的教学体制之间的，表象化的对抗到此为止。
而该校校长朱清时此前一再强调的建校“时机”，执意推行的“边开车、边铺轨”式的办学方法似乎在这一刻得到了某种程度的“应验”。
南科大将由广东省领导和管理，相应的，教育部要求广东省和深圳市进一步加大资金投入力度，加快学校新校区的建设速度，力争在未来3至4年内完成学校二期工程的建设任务，促成学校硬件条件基本形成。
不过，硬件条件从来都不是最主要的问题。事实上，通过过去几年的努力，相关的基础设施建设已经基本到位，至少足以承担办校最初几年，预计规模的学生学习、生活。然而，南科大的发展走势却没有它“创办世界一流研究型大学”的口号那样明朗。
如果说之前迟迟未获教育部批准的时候，出于无奈，穷尽各种可能的坚持、另辟蹊径显示出了南科大一切自主的可能，那么获教育部认可的建校，会不会意味着自主办学的教育理想已经向现实妥协。退一步说，即使这只是外界的一种臆断，曾任10年中科大校长的朱清时，在办学过程动用的中科大人脉乃至经验，会不会让南科大最后拐回中国高等教育体制的“规律”，不可避免地甚至不知不觉地因循惯常教育准则，依然是个问题。
更迫切的问题是，面对近在眼前的正式招生，这个被视作教育改革试验田的学校，有没有确定好一条属于它的试验之路。
后一个问题起初并没有进入公众视野。直到去年，爆出南科大筹建团队核心成员，几名香港科技大学教授由于办学理念上的分歧相继退出，停留于合法建校之胶着的目光才转到这个更为核心的问题上。彼时几位教授指出，从初步的学科规划和学科框架，到以此为基础的教授招聘，从管理团队到内部管理规章制度与问责机制以及外部监管问责法规，从学校定位到发展路径，南科大存在着大大小小没有理清的问题，还不具备招生条件，但建议未被采纳。
