(二)进出口报关
纸质手册管理下的保税加工货物报关，适用进出口报关阶段程序的有进出境货物报关、深加工结转货物报关和其他保税加工货物报关等3种情形。
1.进出境货物报关
保税加工货物进出境由加工贸易经营单位或其代理人向海关申报。
保税加工货物进出境申报必须持有加工贸易手册或其他准予合同备案的凭证。
保税加工货物进出境的报关程序与一般进出口货物一样，也有4个环节，其中申报、配合查验、提取货物或装运货物3个环节与一般进出口货物基本一致，见一般进出口货物的报关程序。有区别的是，保税加工货物进境的报关程序第3个环节不是缴纳税费，而是暂缓纳税，即保税。除此以外，还有以下区别：
加工贸易企业在主管海关备案的情况在计算机系统中已生成电子底账，有关电子数据通过网络传输到相应的口岸海关，因此企业在口岸海关报关时提供的有关单证内容必须与电子底账数据相一致。也就是说，报关数据必须与备案数据一致，一种商品报关的商品编码、品名、规格、计量单位、数量、币制等必须与备案数据无论在字面上还是计算机格式上都完全一致。若不一致，报关就不能通过。
保税加工货物进出境报关的许可证件管理和税收征管要求如下：
(1)关于进出口许可证件管理
①进口料件，除易制毒化学品、监控化学品、消耗臭氧层物质、原油、成品油等个别规定商品外，均可以免予交验进口许可证件。这里所称“免予交验进口许可证件”，并不包括涉及公共道德、公共卫生、公共安全所实施的进出口管制证件。
②出口成品，属于国家规定应交验出口许可证件的，在出口报关时必须交验出口许可证件。
(2)关于进出口税收征管
准予保税的加工贸易料件进口时暂缓纳税。加工贸易项下出口应税商品，如系全部使用进口料件加工生产的产(成)品，不征收出口关税。加工贸易项下出口应税商品，如系部分使用进口料件、部分使用国产料件加工的产(成)品，则按海关核定的比例征收出口关税。
具体计算公式是：
出口关税=出口货物完税价格×出口关税税率X出口产(成)品中使用的国产料件和全部料件的价值比例
出口货物完税价格由海关根据《中华人民共和国海关审定进出口货物完税价格办法》(以下简称《审价办法》)的规定审核确定。
加工贸易出口的特殊商品，应征出口关税的，按照有关规定办理。例如：加工贸易出口未锻铝，不论是否有国产料件投入，一律按一般贸易出口货物从价计征出口关税。
2.深加工结转货物报关
加工贸易深加工结转是指加工贸易企业将保税进口料件加工的产品转至另一加工贸易企业进一步加工后复出口的经营活动。其程序分为计划备案、收发货登记、结转报关3个环节。
(1)计划备案
加工贸易企业开展深加工结转，转入、转出企业应当向各自主管海关提交保税加工货物深加工结转申请表，申报结转计划：
①转出企业在申请表(一式四联)中填写本企业的转出计划并签章，凭申请表向转出地海关备案。
②转出地海关备案后，留存申请表第一联，其余三联退转出企业交转人企业。
③转入企业自转出地海关备案之日起20日内，持申请表其余三联，填制本企业的相关内容后，向转入地海关办理报备手续并签章。转人企业在20日内未递交申请表，或者虽向海关递交但因申请表的内容不符合海关规定而未获准的，该份申请表作
废。转出、转入企业应当重新填报和办理备案手续。
④转入地海关审核后，将申请表第二联留存，第三、第四联交转入、转出企业凭以办理结转收发货登记及报关手续。
(2)收发货登记
转出、转入企业办理结转计划申报手续后，应当按照经双方海关核准后的申请表进行实际收发货。
转出、转入企业的每批次收发货记录应当在保税货物实际结转情况登记表上进行如实登记，并加盖企业结转专用名章。
结转货物退货的，转入、转出企业应当将实际退货情况在登记表中进行登记，同时注明“退货”字样，并各自加盖企业结转专用名章。
(3)结转报关
转出、转入企业实际收发货后，应当按照以下规定办理结转报关手续：
①转出、转入企业分别在转出地、转入地海关办理结转报关手续。转出、转人企业可以凭一份申请表分批或者集中办理报关手续。
转出企业每批实际发货后在90日内办结该批货物的报关手续，转入企业每批实际收货后在90日内办结该批货物的报关手续。
②转入企业凭申请表、登记表等单证向转人地海关办理结转进口报关手续，并在结转进口报关后的第二个工作臼内将报关情况通知转出企业。
③转出企业自接到转入企业通知之日起10日内，凭申请表、登记表等单证向转出地海关办理结转出口报关手续。
④结转进口、出口报关的申报价格为结转货物的实际成交价格。
⑤一份结转进口货物报关单对应一份结转出口货物报关单，两份报关单之间对应的申报序号、商品编号、数量、价格和手册号应当一致。
⑥结转货物分批报关的，企业应当同时提供申请表和登记表的原件及复印件。
