交通工具卫生监督是国家出入境检验检疫局依据法律授权对国际航行船舶进行卫生监督，并对违反法规危害人体健康行为进行处理的制度，是控制传染源，切断传播途径，改善交通工具卫生面貌，防止传染病传入传出的重要措施。
交通工具卫生监督，按其工作性质，一般分为预防性卫生监督和经常性卫生监督两种。
预防性卫生监督：主要是在交通工具建造与检修时对其防鼠工程、饮用水舱、食品贮藏室的结构、防蝇、防蚊装置，污水舱的无害化装置、生活区的空气调节功能等按卫生学要求，提出改进意见，以从基础设施上解决交通工具卫生基本条件。
经常性卫生监督：主要是对日常卫生管理的监督，是通过检疫人员登轮进行现场检查、卫生学调查、监测等全面了解有关卫生状况，并对其进行卫生学评价，发现问题及时纠正或进行必要的行政处理。
(一) 内容及卫生要求
1. 环境卫生。
(1)客舱和船员宿舱及俱乐部、餐厅等公共场所卫生。要求卧具整洁，客船卧具一客一换，清洗消毒，室内通风照明良好，物品摆放整齐，保证足够的换气量。
(2)厕所、浴室卫生。要求清洁卫生，无污垢、无臭味、无蚊蝇。
(3)垃圾管理。要求船上垃圾必须放垃圾袋内，由港口垃圾车、船运走。
(4)压舱水。对来自霍乱疫区的船舶压舱水应抽样检测，不得检出霍乱弧菌。氯制剂消毒，余氯测定在0.5-1ppm。
2. 食品、饮用水卫生。
(1)船舶食品贮藏室卫生。要求食品分类贮存，肉、禽、蛋、水产品的贮存必须达到相应温度要求(冷冻＜-18℃，冷藏4—７℃＝。
(2)食品质量卫生监督。要求无过期、腐败、变质、异味等。
(3)食品加工及厨房、餐厅卫生。要求必须保持清洁卫生，并安装防蝇设施。厨房、配餐间加工生熟食品刀、板等用具分开。
(4)船上的饮用水卫生，要求必须符合《生活饮用水卫生标准》，末梢水余氯测定在03ppm以上。
(5)从业人员卫生。要求食品饮用水从业人员持有效的“健康证明书”。
3. 媒介生物控制。
(1)鼠害控制。要求必须持有有效的除鼠证书或免予除鼠证书。
(2)检查有无媒介生物，密度、分布及防除措施。要求无媒介生物孳生地，有完善的防除措施。
(3)防除设备。要求船舶上备有足量消、杀、灭药物及完好的防鼠、防虫设施。
4. 传染病控制。
(1)检查船舶卫生证书(已申请电讯检疫的船舶)。对经检查不符合规定者，责成船方立即改进，以保证卫生证书的有效性。
(2)了解船员和旅客健康状况，停舶期间是否有人就医，病情如何。对腹泻、高热、皮疹、黄疸或淋巴腺肿大的病人，检疫医师要进行检诊。
(3)检查船员的预防接种证书(来自黄热病疫区者)；船员体检证书(中国籍远洋船员)。
(4)检查船舶上是否备有急救和消毒药品，客船上要求备有病床或隔离室。
(二)处理原则
1. 定期卫生监督。船舶靠港后，对来自非疫区的应在2日内进行卫生监督，对来自检疫传染病疫区或监测传染病流行区之船舶翌日即应登轮监督，对装载易隐匿病媒昆虫、啮齿类动物的货物的出入境船舶应进行定期卫生监督。
2. 注意监督重点。
(1)来自霍乱疫区的重点为食品、饮水、压舱水、垃圾、蝇类、蟑螂。
(2)来自黄热病疫区的重点为蚊类。
(3)来自鼠疫疫区的重点为鼠类、跳蚤。
3. 卫生处理。对装载按规定需要卫生除害处理的货物，或可能传播检疫传染病的货物船舶，应视为重点进行监督，并作必要的卫生处理。
4. 船舶必须备有足量的消毒、杀虫、灭鼠药物及防鼠器械。
5. 船舶应当保持无鼠、无蟑螂、无蚊蝇，一旦发现，应采取杀灭措施。
6. 生活垃圾应进行无害化处理。来自霍乱疫区船舶上的生活垃圾，未经检疫消毒不得卸下，来自鼠疫疫区船舶上的垃圾必须焚化处理。
