一、申报纳税程序
纳税人应自转让房地产合同签订之日起7日内，向房地产所在地的主管税务机关办理纳税申报。
纳税人因经常发生转让房地产行为而难以在每次转让后申报的，可按月或税务机关规定期限缴纳。
二、纳税时间和缴纳方法
1.一次性交割付清价款，办理过户登记手续前数日内一次性缴纳全部税款。
2.分期收款方式转让，合同规定的收款日确定，按比例计算每次税额，每次收款后数日内缴纳。
3.项目全部竣工结算前转让的，预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。
三、纳税地点
土地增值税由房地产所在地的税务机关负责征收。即房地产的坐落地。
五、房地产开发企业土地增值税清算管理
(三)土地增值税的清算受理：
1.符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算：(满足清算条件之日起90日内办理清算手续)
(1)房地产开发项目全部竣工、完成销售的;
(2)整体转让未竣工决算房地产开发项目的;
(3)直接转让土地使用权的。
2.符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：(在纳税人收到清算通知之日起90天内办理清算手续)
(1)已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的;
(2)取得销售(预售)许可证满三年仍未销售完毕的;
(3)纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的;
(4)省税务机关规定的其他情况。
3.土地增值税清算时间及提供资料：
(1)土地增值税清算表及其附表。
(2)房地产开发项目清算说明，主要内容应包括房地产开发项目立项、用地、开发、销售、关联方交易、融资、税款缴纳等基本情况及主管税务机关需要了解的其他情况。
(3)项目竣工决算报表、取得土地使用权所支付的地价款凭证、国有土地使用权出让合同、银行贷款利息结算通知单、项目工程合同结算单、商品房购销合同统计表、销售明细表、预售许可证等与转让房地产的收入、成本和费用有关的证明资料。主管税务机关需要相应项目记账凭证的，纳税人还应提供记账凭证复印件。
(4)纳税人委托税务中介机构审核鉴证的清算项目，还应报送中介机构出具的《土地增值税清算税款鉴证报告》。
(四)土地增值税清算时相关问题的处理：
1.土地增值税清算时收入的确认
已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入;未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。
2.质量保证金的扣除
房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金。质量保证金开具发票的，按发票所载金额予以扣除;未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。
4.逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。
5.契税，应视同“按国家统一规定交纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。
6.拆迁安置费的扣除，按以下规定处理：
(1)房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按(国税发[2006]187号)第三条第(一)款规定确认收入(即按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定;或由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定)，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费;回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。
(2)开发企业采取异地安置，异地安置的房屋属于自行开发建造的，房屋价值按国税发[2006]187号第三条第(一)款的规定计算，计入本项目的拆迁补偿费;异地安置的房屋属于购入的，以实际支付的购房支出计入拆迁补偿费。
(3)货币安置拆迁的，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。
8.预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。
