(2010-10-19)
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2菁类染料
2.1TOTO类
吖啶橙、溴乙锭类染料虽然与核酸结合稳定，但未结合的染料自身的荧光会造成高的荧光背景，干扰检测，同时溴乙锭具有很大毒性。TOTO和YOYO是由Glazer等开发的一类对dsDNA具有高度亲和力的不对称菁染料。染料在溶液中无荧光，降低了检测过程中的荧光背景干扰。与dsDNA结合后发生强烈的荧光，荧光增强约1000倍，染料分子与DNA的碱基对最大比例可达1/4，在琼脂糖凝胶和丙烯酰胺凝胶电泳中稳定。它们分别由单体噻唑橙TO和噁唑黄YO通过一个多亚甲基胺柔性链连接成二聚体。YOYO是TOTO的类似物，只是其中用苯并噁唑替换了苯并噻唑。改变多亚甲基链两端的染料分子，可以得到不同的异二聚体TOTAB、TOTIN等。该类染料还有POPO、BOBO以及不对称单亚甲基菁染料PO-PRO、BO-PRO、TO-PRO、YO-PRO等，共轭链碳数增加，吸收及发射波长产生红移。Rye等认为ssDNA-TOTO复合物稳定性及光谱性质的变化在于TOTO头部基团与单链碱基之间的堆积作用和链上两个阳离子正电荷与DNA骨架上的负电荷之间的库仑力共同作用的结果。TOTO可高选择性地用于dsDNA的非序列特异性的检测，它对所有的dsDNA表现出极高的亲和作用，但更易嵌入dsDNA的(5'-CTAG-3')2位，大约是100倍的选择性，其次是(5'-CTGA-3')2位，大约50倍的选择性。Jason等用溶液粘度测定法和原子力显微镜解释了TOTO与DNA的双嵌入作用主要内容：一、分子杂交的概念
