以上事实提示,在免疫耐受,尤其是获得性免疫耐受的机体内,自身反应细胞克隆并未被彻底清除,而是处于功能受抑或无能状态(clonalanergy)。凡是细胞表面抗原受体被封闭,抗原不能与细胞表面受体结合,缺少T细胞或巨噬细胞的辅助作用,以及T细胞与巨噬细胞主动抑制作用,抗独特型网络的主动抑制等都可能参与耐受的诱导过程。导致反应细胞克隆的不应答,而不能发生正相免疫应答。