其一，规定的不一致，导致执行的随意性。在确定工程质量保证金的留存比例、支付期限、使用范围等方面，存在不按保修项目或部位计算留存额度、超出适用范围支取、加大比例留存和恶意(或强行)扣留等极度随意的行为。
其二，对工程质量保证金的留存、记录、使用、到期支付等没有相应检查监督机构，更没有形成监督机制。
其三，没有在工程保证期结束后界定质量有无缺陷的责任机构，或是界定的实施细则。大多是由建设单位自说自话，最后，总有责任会让施工单位去担。
其四，没有建立专门的会计核算与资金管理。工程竣工交付使用后，建设和施工各方，对应付应收工程款大多是一个总数，对于工程质量保证金，只是在各自经办人心里按照合同里的约定中计算的一个额度，并没有有凭有据地记录在会计账册中，更谈不上按照相关规定进行分类留存保证金了。
其五，施工企业的资金沉淀。施工企业不仅资本金少(因建筑环境的变化，这一缺陷更加凸显)，而且时时处处受制于人。资金的管理上更加突出：垫资施工、让利合同、替人担保等等，再加上“有理有据”的保证金留存，很多应当由施工企业控制的资金，集中在了建设单位的手中，使得建筑施工企业周转无力、债台高筑。
其六，保证金只有建设单位独自管控，工程保证金没能完全发挥应有作用，使施工企业常常因此遭受无辜甚至无奈的损失。据各地的审计局审计发现，在质量保证金的管理及使用过程中存在很多问题：有的建设单位与管理、使用单位未进行工程项目合同及保证金情况的交接，造成保证金的管理前后脱节和混乱;一味对施工企业提出要求，无限期地拿保证金说事，有意拖延或拒绝返还给施工企业，例如因为工程中的一些小问题，拖延保证金的返还期，甚至借故扣除大于维修费用数倍的保修费用;将保证金转给其物业管理单位，而物管常常把一些因使用不当造成的质量问题，也要施工单位承担责任;有许多甲方采取项目公司方式进行承包运作，公司随着项目开发完毕进行变更甚至解体，施工单位留存的保证金随着建设单位的消失而无法清偿;有的竟然使用淘汰的汽车、设备或难以销售的房屋等以高价顶值保证金等等。这些损失都会落在施工单位头上，而且也使工程保证金失去了其原有的意义。项目管理论坛
其七，由于国家对建筑施工企业的产业定位和市场恶劣的竞争环境，形成在建设领域作突出贡献、付艰辛劳动的施工企业，总是处于弱势地位。发包方会通过各种途径体现其强势地位。各种霸王条款不容置疑地要求施工企业接受。保证金留存期限和额度等方面不严谨的规定，助长了其在执行上的随意性和就高不就低的做法。
除此以外，在工程质量保证金管理上，仍有许多问题亟待规范。如不妥善处理，保证金留存不仅不能作为保证纠正工程质量缺陷的手段，还会滋生腐败，甚至影响建筑企业发展。
