(一)体系不全，网大点稀。
市、县两级农业部门均设置了植保植检两块牌子一套人马的检疫机构，但有害生物监测预警体系不健全，特别是乡镇基层根本无监测预警能力。各县(市、区)没有固定的观测试验场地，植保植检体系“网大点稀、设施落后、功能不全”的状况没有得到根本改变。检疫设备陈旧、老化、技术含量低的情况十分严重。监测“盲点”多，监测预警能力仅为韩国的十分之一，监测有害生物种类仅为日本的十分之一，韩国的二分之一，极大影响了监测预警和防治决策的准确性与时效性。
(二)机构缺位，队伍不稳。
目前我省大部分植物检疫机构大多归并植保站，个别县级植物检疫职能已归到执法大队。在植保植检工作中，往往是植保为主，植检为辅，加之各站人员较少，工作中经常顾此失彼，专职检疫员实际上没有做到真正意义上的专职。并且各地植物检疫机构人事调动权归各地农业行政主管部门，由于农业主管部门下设机构繁多、人员相互调动频繁，全省绝大部分市县每年专职检疫员更换率在20%以上。
(三)经费奇缺、设备落后。
据调查，全省多数市、县两级植保植检站财政预算除安排少量人头事业经费外，均未安排植检专项资金，检疫经费得不到应有的保障，各地检疫工作缺乏起码的基础设施。现有的计算机与检测设备是原有植保的设备，极其简陋且已老化，根本无法开展检测。少数有植保工程项目的站，配备部分检测设备，也因缺乏运转经费而未开展检测。
(四)培训太少，素质不高。
长期以来植物检疫人员不仅社会地位低、经济待遇差、专业技术职称评定困难，而且连专职检疫员的业务培训工作都很难、很少展开，无法更新知识，加之各地非专业人员进入检疫队伍的较多，对常规的农技知识都没有掌握，知识老化，整体素质不高，严重影响检疫工作的正常开展。
(五)检疫意识淡漠，市场阻力大。
一是不少干部群众检疫意识不强，致使部分地方政府、相关领导和广大干部群众前期，预防不力。
二是经销商检疫意识淡薄。据执法检查，仅“两杂”、小麦、油菜种子和部分果苗经销商按10%左右开调运检疫证，其他作物种苗和农产品公路调运基本无证调运。
三是市场检疫执法抵触强烈，市场检疫执法很难开展。
