证券登记结算机构承担以开立账户和证券托管为基础的各项职能，纯系依照强行法产生的法定职能，具有权利与义务的双重属性。这是《证券法》采取“职能”而非“职责”的基本原因。
就国家利益而言，证券登记结算机构之职能具有法定义务的性质。也就是说，办理开户及托管并在此基础上开展其他相关业务，是证券登记结算机构依法必须承担的义务。如果某股份公司经批准拟上市交易其发行的股票，股票持有人向证券登记结算机构提出开立账户申请或托管申请的，证券登记结算机构不得拒绝。通过赋予证券登记结算机构以接受申请的法定义务，国家将借此实现对证券交易市场的有效监管，促进社会公益。
就投资者角度而言，证券登记结算机构的上述职能具有权利属性。依照《证券法》规定，证券持有人所持证券上市交易前，应当全部托管在证券登记结算机构。这一规定表明，投资者有义务将其拟上市证券交给证券结算机构托管，从而形成证券持有人与证券登记清算机构之间的特殊权利义务结构。一方面，此等权利义务结构具有法定主义特点，投资者必须办理开户及托管，证券登记结算机构必须接受开户及托管申请;另一方面，投资者与证券登记结算机构之间具有证券寄托性质，即证券登记结算机构充当证券持有人的证券受寄托人，投资者为该寄托关系的寄托人，双方关系在无特别法规定情况下，适用民法关于寄托合同的规定;于特殊场合下，证券登记结算机构依照与证券发行人之间达成的协议，办理其他相关服务业务。
因此，无论就民事寄托关系而言，还是就登记清算业务的法定性特点而言，证券登记结算机构必须向投资者及证券发行人承担相应义务，以平衡彼此之间的权利义务关系，不致使投资者必须托管之证券面临各种风险。我国开展证券集中托管业务前，常有客户证券被盗卖现象;即使开始集中托管后，依然会有各种业务风险，如无纸化交易中的电子数据错误和机械故障导致的权益损害;在集中托管后，还会因各种信用交易中出现的信用障碍，影响证券交割安全性的实现。所以，对证券登记结算机构施以法定义务，就显得尤其重要。
证券登记结算机构的法定义务，可从不同角度进行分类。有学者从组织机构及监管角度，将法定义务分为所有权结构与规章制度、成员资格、运作监控、财务管理和自动化要求等方面。根据《证券法》，我国证券登记结算机构的法定义务分列如下：
1.法定保管义务
保管即寄托，为保管人与寄存人之间的契约关系。依照《合同法》规定，保管合同是保管人保管寄存人交付的保管物，并返还该物的合同。于证券托管关系中，证券登记结算机构属保管人，证券持有人属于寄存人，双方以实物证券或其他替代物作为保管标的，并以有偿保管为原则。该保管关系于寄存人将其所持证券交付证券登记结算机构时生效，证券登记结算机构应向证券持有人出具寄存凭证。在实践中，实际采取的寄存方式是双重寄存，即首先由证券持有人将其所持证券交给设在各地的证券登记公司，再由各证券登记公司将所收取证券交付证券登记结算机构，具有转寄存或转保管性质。学术上，也有人将此种情况解释为保管代理关系。
根据寄存关系，证券持有人依然是寄存证券的合法权利人，证券登记结算机构为寄存证券的保管人，对该寄存标的物不享有所有权。《证券法》第153条第 2款据此规定，证券登记结算机构不得将客户的证券用于质押或者出借给他人。也就是说，证券登记结算机构不得以证券所有人的名义，将寄存证券以任何形式交付给其他人。在无纸化交易情况下，证券登记结算机构承担着质押或出借给他人的禁止义务，同时不得将不同客户的证券账户混合管理。在不违反法定保管制度的前提下，若终止保管关系，证券合法权利人有权取回寄存证券。
2.资料善管义务
资料善管义务，是指证券登记结算机构应以证券行业通行的标准和规则，以善良管理人标准从事与证券保管有关的事务。与普通民事保管相比，证券寄存属于专业性保管事务，证券登记结算机构承担更高程度的义务。《证券法》特别就其资料善管义务，作如下规定：
(1)文件记载要求。证券登记结算机构应当保证证券持有人名册和登记过户记录真实、准确、完整，不得伪造、篡改、毁坏。
(2)文件提供义务。证券登记结算机构应当向证券发行人提供证券持有人名册及有关资料。同时，证券登记结算机构应当根据证券登记结算的结果，确认证券持有人持有证券的事实，提供证券持有人登记资料。
(3)文件保存期限。证券登记结算机构应当妥善保存登记、托管和结算的原始凭证。重要的原始凭证的保存期不少于20年。
3.业务保障义务
业务保障义务，旨在促使证券登记结算机构适应现代证券交易的实际需求，确保证券交割清算的安全、快捷，避免因服务设施及制度设置不合理而影响交易安全，以消除交割或交收风险。业务保障义务还包括尽量减少货币和证券的实物流转，使各方货币与证券的流动量降低到最小程度。
为确保上述目标的实现，《证券法》第152条特别规定，证券登记结算机构应当采取一系列措施，保证业务的正常进行：(1)具有必备的服务设施和完善的数据安全保护措施。(2)建立健全的业务、财务和安全防范等管理制度。“通过每日或定期监控，可发现异常的现象和潜在的风险，并及时加以处置”，“清算公司应对延迟的证券交付或款项支付进行严肃处理”，甚至在必要场合下采取罚款办法。(3)建立完善的风险管理系统。
4.设立结算风险基金义务。
根据风险控制义务，证券登记结算机构要建立、健全并实施有关的制度与管理办法，还要承担设立结算风险基金义务。《证券法》第154条第1款规定，证券登记结算机构应当设立结算风险基金，并存人指定银行的专门账户。结算风险基金用于因技术故障、操作失误、不可抗力造成的证券登记结算机构的损失。
证券登记结算机构必须设立证券结算风险基金，其含义如下：(1)证券登记结算机构必须设立证券结算风险基金，此属于证券登记结算机构的法定义务，也是证券登记结算机构的设立条件，否则应禁止设立该等机构。(2)证券结算风险基金来源多样化，但主要来自于证券登记结算机构的业务收人和收益，也可以向证券公司收取，以最大限度降低和分担市场风险。(3)证券结算风险基金用于赔偿证券登记结算机构的损失。证券登记结算负担确保钱款及证券交收安全性的基本职责，必须保证投资者相互间交易的顺利完成，甚至必须以其自有资金承担风险。这种损失赔付责任的规定，间接地体现出对投资者利益的保护。(4)动用证券结算风险基金须符合法定条件。《证券法》将动用基金的条件限定为技术故障、操作失误和不可抗力三种原因，证券登记结算机构不得将基金用于改善设备、修改系统等其他目的。
5.除前述基本义务外，证券登记结算机构也承担其他法定义务。根据国际证券界的实践经验，证券登记结算机构同时具有清算和交收职能时，为降低清算风险，必须将清算和交收的运作严格分开。我国《证券交易所管理办法》第72条也规定，证券交易所的会员为参加证券交易所交易而缴存的清算头寸、清算交割准备金，应当由证券登记结算机构专项储存。证券登记结算机构应当在业务规则中明确上述资金的用途和收取标准，并对上述资金严格管理，严禁透支，不得挪作他用。
