(一)关于中央登记结算机构的问题
我国上海和深圳证券交易所设立之初，即按当时规定和证券监管机构批准，分别设立了各自的证券登记结算机构。《证券交易所管理办法》以行政法规形式，认可了各证券交易所分别设立证券登记结算机构的体制。各证券登记结算机构依此办理着与证券交易有关的证券登记、托管和结算服务。上海和深圳证券交易所在继承以前做法的同时，已开始对所设证券登记结算机构进行调整和完善。
《证券法》起草中，对于应否维持目前证券登记结算体制，还是应设立“中央证券登记结算机构”问题，学者曾有过较大争论。有学者提出，为实现对证券交易市场的统一监管，应采取中央证券登记结算结构的单一体制，由中央证券登记结算机构办理国内证券的登记、托管和结算业务，改变由各证券交易所分别设立证券登记结算机构的做法。有观点提出，各证券交易所分别设立证券登记结算机构的做法，在理论上并无不妥，在实践中也未遇到重大障碍，可维持目前做法，无须采取中央证券登记结算机构的体制。
《证券法》对中央登记结算机构问题，采取折衷态度。《证券法》第149条规定，证券登记结算机构采取全国集中统一的运营方式，证券登记结算机构章程、业务规则应当依法制定，并须经国务院证券监管机构批准。《证券法》在证券登记结算体制上，既未肯定单一制，也未明确要求建立中央登记结算机构，仅要求证券登记结算机构在运营上应具统一性。事实上，证券监管机构在审批各证券登记结算机构的章程和业务规则过程中，有权就各证券登记结算机构的运营方式提出建议，这就极有可能最大限度地消除现有两家证券登记结算机构在内部规则上存在的差异。要求各证券交易所采取“全国集中统一的运营方式”，就为未来组建中央证券登记结算机构提供了可能。
我们认为，建立中央证券登记结算机构的单一体制，具有重大意义。第一，设立中央证券登记结算机构，有利于实现对证券市场的统一监管，有利于降低证券交易所的地方化色彩，有利于消除证券市场发展中的地方割据，有助于推动证券交易的统一、安全运作。第二，建立中央证券登记结算机构，有助于减少证券交易风险。各证券交易所分别设立证券登记结算机构的体制中，证券登记结算机构的运营难免会受到证券交易所政策的影响，证券登记结算机构难以独立运作，难以发挥其特有的监督职能。建立中央证券登记结算机构，将实现对证券交易所的制约，从而有利于降低交易风险。第三，中央证券登记结算机构有助于实现证券交易和结算的高效率，是公认的效率最高的系统。各发达证券市场国家，均逐步走向建立中央证券登记结算机构的道路。第四，根据有些国家规定，其本国投资者仅得在设立中央登记结算机构的国家进行证券投资。为了扩大我国证券市场的融资功能，实现与境外规则的对接，建立中央证券登记结算机构是一个较好选择。特别是随着国内证券市场的统一化进程，随着国内证券交易所与国外证券交易所之间的业务联系逐渐加强，中央证券登记结算机构将有助于消除因分散交割清算而导致的实践问题。
值得注意的是，我国若立即建立中央证券登记结算机构，将会遇到许多难以一时解决的问题。我国现有两家证券交易所及其证券登记结算机构已稳定运营接近十年，其在交易规则、清算及交割规则上存在一些重要差异，这些差异在短期内难以立即消除。在此情况下，如果立即建立中央登记结算机构，有可能对证券市场的稳定性产生不利影响。国际证券业行政人员协会(1SSA)修订发布的《三十人小组关于证券清算交收体系的报告》(以下简称《三十人小组报告》)称“每个国家最好建立单一制的中央证券存管机构。该机构通过无纸化证券或非流通的实物证券形式提高证券的交收效率，并通过规模经济效益大大降低成本。多个证券存管机构并存也是可行的，例如地区性存管机构并存，或不同券种对应不同的存管机构，但这些存管机构必须相互关联”。该报告确立了三种存管机构设立模式，即中央证券存管机构，地区证券存管机构和类别证券存管机构。但就后两种证券存管机构而言，并存的若干存管机构在运营方式上应当相互衔接，才会满足证券流通性最大化的要求。
(二)关于证券登记结算机构的性质
在证券登记结算机构的性质上，国外有两种基本设立模式，即财团法人制形式和公司制形式。所谓财团法人制，即按照大陆法系财团法人规则设立证券登记结算机构。依照民法理论，财团法人是按照一定目的设立，并由专门委任人员按规定目的进行使用的各种财产，也称财产组合。 所谓公司制形式，是指依照公司法组建并专门从事证券登记、托管和结算业务的营利性企业法人。我国现行法规定，证券登记结算机构属非营利法人，故非采取公司制形式，但因我国现行法未接受财团法人概念和制度，故在理论上也难以将证券登记结算机构归入财团法人。在我国学术界，学者倾向于将大陆法系承认的各种财团法人归人社会团体法人的范畴。
对于证券登记结算机构采取公司制形式的问题，我国立法未持肯定态度，学术界也极少支持，但相关理由极少见诸文字。根据我国台湾学者意见，证券登记结算机构属于公益性机构，旨在维护证券市场的安全、效率与快捷，此等效能既体现出对投资者利益的最大维护，更是国家建立健全证券市场所需条件，若建立旨在营利性企业或公司，将有碍于其公益性的充分发挥。
我们认为，绝对排斥公司制在组建证券登记结算机构方面的功能与作用，未必是最理想的选择。首先，凡采取公司制者，必然要受到利益驱动机制的影响，但证券登记结算机构的利润并非不可限制和规范。如果将证券登记结算机构视为特殊公司，并就相关利益因素加以合理调整，公平体现投资者、上市公司及证券登记结算机构的利益，采取公司制并非百害而无利。其次，凡采取公司制者，其内部机构设置及运作规则相对规范，内部监管也比较便利;反观非公司制形态，现行法律规制较少，主要适用民法法人制度及规则，内部监督及外部监管均处于法律不明确状态，运营安全及规范程度尚不及公司制。再次，目前的证券登记结算机构属于证券交易所的全资附属机构，其资金全部来自于证券交易所，这不仅会增加证券交易所负担，也不利于对证券登记结算机构的社会监督。若容许其他机构或单位参与证券登记结算事务，不仅会便利融资，还会相应增强证券登记结算机构的抗风险能力，更将有利于投资者整体利益的实现。
根据《民法通则》、《证券法》和《证券交易所管理办法》的规定，证券登记结算机构的设立和存续条件包括：
1.有必要的自有资金。我国法人制度向来强调法人设立时必须具备的资金或经费条件，学术界认为，这是确保法人组织安全、稳定从事相关业务活动的基本条件。根据《证券法》规定，设立证券登记结算机构的自有资金不少于人民币 2亿元。
2.有适当的服务场所。证券登记结算机构应具有证券登记、托管和结算服务所必需的场所。证券登记结算机构设立申请人提出申请时，应向审批登记机关提供其服务场所的有效证明。
3.从业人员资格条件。证券登记结算机构提供的登记、托管和结算服务具有较强的专业性。为了满足专业服务的需要，证券登记结算机构的主要管理人员和业务人员必须具有证券从业人员资格。
4，有合法确定的名称。证券登记结算机构应标明“证券登记结算”字样。《证券交易所管理办法》将证券登记机构确定为非营利机构，但现存证券登记结算机构均冠以“公司”名义。鉴于公司是依《公司法》设立的企业法人，属于营利性企业法人，与证券登记结算机构的法定性质有悖，各证券登记结算机构现有名称应作相应改变，以体现其非公司法人的特点和属性。
5.有完整的结算系统。为了顺利办理上市证券集中登记、托管和结算，证券登记结算机构应当建立与此相适应的结算系统，配备必要的电脑、通讯设备，有完整的数据安全保护和数据备份措施，确保证券登记、托管和结算资料和电脑系统的安全。
6.有完整的风险管理系统。证券登记结算机构应设立结算系统风险保证基金，并建立一套完整的风险管理系统，保证证券交易与结算的连续性和安全性。
7.有健全的内部管理规则。即应当按照证券监管机构的要求，建立健全本机构的业务、财务和安全防范等内部管理制度和工作程序。
8.国务院证券监督管理机构规定的其他条件。
证券登记结算机构的职能即其业务范围，根据《证券法》第148第规定，要包括：
1.证券账户、结算账户的设立。证券账户是证券投资者在证券登记结算机构开立的股票账户、债券账户和投资基金账户等，主要用来记载和反映投资者持有的证券种类、数量等情况。结算账户是为办理证券交易中的钱券交割和提高交易安全性，由证券公司设立的结算账户。就证券登记结算公司诸多职能之间的关系而言，证券账户和结算账户的开立，是其他职能得以发挥的基础。在实践中，投资者开设证券账户时，要首先向受证券登记结算机构委托且设于不同地区的证券登记公司提出申请，然后由证券登记公司汇总投资者开户情况，并转交证券登记结算机构。
2.证券的托管和过户。托管即保管，是指由证券登记结算公司代为保管投资者拥有的实物证券;在证券无纸化情况下，托管则是指保存证券头寸的电子记录。依大陆民法理论，托管具有寄托即保管性质，证券所有权依然归属于证券投资者。依照《证券法》第150条规定，证券持有人的证券上市交易前，应当全部托管在证券登记结算机构;证券上市后，即使办理过户登记手续，证券始终处于托管状态。过户是与托管直接关联的业务形态，为某种证券转让或移转给他人时，应就证券变动事项作出的记载，以表明受让人对受让证券的合法权利。证券登记结算机构办理过户时，应向投资者收取一定的过户费用。
3.证券持有人名册的登记。即对证券持有人姓名或名称予以登记造册，以提供给证券发行人、投资者及其他相关人员使用。证券登记结算机构所作名册，具有权利证明效力;当此名册与证券发行人编制的股东名册或债券持有名册发生冲突时，应以证券登记结算机构编制的名册为准。
4.证券交易所上市证券交易的清算与交收。清算是确认证券交易双方于某特定日期的债权债务关系的行为，通过对交易各方进行债权债务核算，确定彼此之间应转移的资金或证券的具体数量。交收作为清算基础上的进一步业务，是完成证券和资金交付的过程。自投资者角度来看，交收即交割。在理论上，证券交收有全额逐笔交收和净额交收两种基本方式。目前主要采取净额交收。
5.受证券发行人委托派发证券权益。证券权益包括上市公司分配股息和红利、资本公积金转增股本，也包括向债券持有人派发债券利息等。此等业务依照证券登记结算机构与证券发行人之间的协议办理，故非属于证券登记结算机构的法定业务。
6.办理与上述业务有关的查询。上述业务均属于为投资者及证券公司提供服务的范畴，为体现上述业务的服务性质，规定其承担相关业务的查询，显属证券登记结算机构基本业务之派生业务。
7.证券监管机构批准的其他业务。根据现行证监会发布的文件，证券登记结算机构应在上市公司董事等高级管理人员任职期间，采取有效方式锁定其名下股票。另随我国证券市场的发展及与国际资本市场的接轨，办理跨国结算、非上市证券登记清算业务、证券质押登记及股务管理等业务，也会逐渐得到认同并成为证券登记结算机构的业务范围。
