（一）致病机理衣原体能产生不耐热的内毒素。该物质存在于衣原体的细胞壁中，不易与衣原体分开。静脉注射至小鼠，能在几小时到24小时使小鼠死亡，解剖可见肝脏坏死，肺、肾损害。这种毒素的作用能被特异性抗体所中和。衣原体的致病机理除宿主细胞对毒素反应有关外，衣原体必须通过不同的细胞的特异性受体才能发挥特异的吸附和摄粒作用。因此各种衣原体表现不同的嗜组织性和致病性。
（二）引起的疾病衣原体是能引起人和多种动物疾病的病原体。现将与人类有关的衣原体病例举如下：
1．人类衣原体病
(1)沙眼
(2) 包涵体性结膜炎
(3) 婴儿衣原体性肺炎
(4) 男性非淋菌性尿道炎
(5) 女性衣原体性宫颈炎
(6) 性病淋巴肉芽肿
(7) Reiter氏综合征
2．人与动物共患衣原体病主要为鹦鹉热～鸟疫
