《企业所得税法》第十条规定，在计算应纳税所得额时，下列支出不得扣除：
(一)向投资者支付的股息、红利等权益性投资收益款项;(二)企业所得税税款;(三)税收滞纳金;(四)罚金、罚款和被没收财物的损失;(五)本法第九条规定以外的捐赠支出;(六)赞助支出;(七)未经核定的准备金支出;(八)与取得收入无关的其他支出。
土地闲置费虽然是在原来已经付出土地出让金，取得土地使用权基础上由国家土地管理职能部门惩罚性加收的一种费用，但不能理解为是行政罚款性支出。《闲置土地处置办法》(国土资源部令第5号)规定，土地闲置费是指土地使用者依法取得土地使用权后，未经原批准用地的人民政府同意，超过规定的期限未动工开发建设造成土地荒芜、闲置时，由土地使用者向土地行政主管部门缴纳的闲置费。由于土地商品的特殊性，土地闲置费是一种费用性质的支出，不能视为罚款性支出，是与收入相关的合理的支出，可以在税前扣除。
关于土地闲置费的财务会计处理，《财政部关于企业房地产开发与交易若干财务处理问题的通知》(财基字[1995]938号)规定，以出让方式取得土地使用权的企业，因超过出让合同约定的动工开发日期，按规定缴纳的土地闲置费，或因满2年未动工开发，被政府有关部门无偿收回土地使用权而造成的损失，企业可计入当期管理费用。
《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函[2010]220号)规定，房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除，纳税人在土地增值税清算应予以关注。
一、土地增值税的处理
国家税务总局《关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函[2010]220号)规定，房地产企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。
二、企业所得税的处理
《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》(国税发[2009]31号)第二十二条规定，企业因国家无偿收回土地使用权而形成的损失，可作为财产损失按有关规定在税前扣除。第二十七条规定，开发产品计税成本支出——土地征用费及拆迁补偿费指为取得土地开发使用权(或开发权)而发生的各项费用，主要包括土地买价或出让金、大市政配套费、契税、耕地占用税、土地使用费、土地闲置费、土地变更用途和超面积补交的地价及相关税费、拆迁补偿支出、安置及动迁支出、回迁房建造支出、农作物补偿费、危房补偿费等。
三、土地闲置费用的土地增值税和企业所得税处理的区别
按照《中华人民共和国企业所得税法》的相关规定，土地闲置费可以计入开发产品计税成本，能够在税前扣除。因国家无偿收回土地使用权而形成的损失也可作为财产损失在税前扣除。但是国税函〔2010〕220号文件明确了房地产企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得在清算土地增值税时扣除，因此，房地产企业在土地增值税清算时，再不能按照企业所得税口径去计算土地成本了。
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