1.中药毒性的相对性 中药是借助于药物的偏性纠正疾病的偏性，辨证准确，效如桴鼓相应。如果辨证不确，就会产生毒副作用。如日本报道的应用小柴胡汤引起间质性肺炎的案例，就是一个很好的说明。而某些药物如三氧化二砷对正常人使用反映为毒性，而用于急性粒细胞白血病却发挥了很好的治疗作用，并未发生毒副反映。
2.中药毒性研究的复杂性 其复杂性在于中药多使用制剂粗、用量大、毒性小、起效慢、疗程长、靶点多、给药途径以口服为主等，给中药毒理学的研究带来了困难。制剂较粗，与对照组在颜色、气味、用药量、给药途径等方面存在很大的差异，影响了各实验组间的齐同性;药量较大，超过实验动物的胃容量;毒性较低，甚至检测不出半数致死量等数据;用药疗程长，短期内可能无毒性反应，有毒性蓄积的倾向;中药从原药材到制剂的质量标准均不够严格和科学，使实验重复性受到很大的影响;中药保存条件与保存期与化学药品不同;中药尤其是复方成分复杂且难以确定，其毒代动力学研究具有许多困难与特殊性。
3.辨证看待古代文献毒性的记载 如七情和合中相反的涵义为配伍后能增加毒性，但并不意味着绝对不能配伍。汉末张仲景《金匮要略》中的“甘遂半夏汤”以甘遂与甘草同用;《千金翼方》肾沥散中乌头、白蔹同用;《儒门事亲》中通气丸海藻、甘草同用等，经过长期临床使用并未见有毒性反应的报道。高晓山等对病理生理条件下中药十八反进行了系统研究，认为十八反是古人在临床用药中发现的问题，病人处于病理生理状态，因此十八反应限定于专属的病理生理条件下，广泛地增加毒性，未必是十八反的普遍规律。病理生理条件下某些十八反组可显示毒性增强，死亡率升高或某些不利于治疗的情况。川乌与半夏2∶1配伍，8g生药/kg剂量对于饲喂甲状腺粉所致阳盛实验动物耐高温能力有明显的抑制作用，显示较明显毒性增强，而对正常健康动物来说，同样的高温下生存时间则较病理模型下长。提出只有在特定的病理生理条件下显示毒性增强的特点，可能为十八反的主流。
在GLP规范下开展中药毒理学研究。1978年美国FDA颁布了世界上第一部药品安全性评价的研究法规—《药品非临床安全研究工作质量管理规范》(Good Lab?鄄oratory Practice ，GLP)，随后，GLP管理规范逐渐成为世界药品安全性评价的通行标准，已有约70个国家和地区制定了本国的GLP.且随着GLP规范的广泛采用，它所包括的范围已扩大到整个药学、药效学研究，可以说所有的非临床实验研究(质量控制、化学检测、分离提取、药理实验等)都要遵循其管理原则。所制定的SOP(Standard Operation Procedure)也正逐步向GLP规范靠扰。
GLP建设不仅是中药国际化、产业化的重要前提与依托，而且是对整个中医药研究工作的管理与方法学示范。以其软件建设SOP文件制作为例，包含了以下13个方面。(1)供试品和对照品的接受、贴标签、储存、处理、配制方法以及取样等;(2)动物房准备和动物的饲养管理;(3)设施和设备的维护、修理;(4)动物的转移、饲养、安置、标记、编号等;(5)动物的一般状况观察;(6)各种检查、测试等操作;(7)濒死或者已死动物的检查处理;(8)动物的尸检以及组织病理学检查;(9)实验标本的收集和编号;(10)数据处理、储存和检索;(11)研究单位、安全性研究机构、质量保证部门和专题负责人的职责;(12)工作人员的健康检查制度;(13)安全性研究机构认为需要制定标准操作规程的其他工作。在GLP规范下进行中药毒理学研究，就要将硬、软件建设工作以SOP的形式体现在上述各方面。
