①根据预算法律制度的规定，单位不得截留、挪用、虚报、冒领工程建设资金。
②根据《会计法》的规定，单位发生的经济业务事项应当在
依法设置的会计账簿上统一登记、核算。
情形(3)不合法之处：
①房屋租金收入90万元未纳入研究所统一财务核算，并作为年终奖金发给全体职工不符合规定。
理由：根据《会计法》的规定，单位发生的经济业务事项应当在依法设置的会计账簿上统一登记、核算，不得违反《会计法》和国家统一的会计制度的规定私设会计账簿登记、核算。
②房屋租金收入90万元未申报缴纳任何税费不符合规定。
理由：根据税收法律制度的规定，该研究所出租房屋租金收人应缴纳印花税、营业税、城市维护建设税、教育费附加、城镇土地使用税、房产税、企业所得税。
2.研究所对财会部主任张某作出的鉴定意见不恰当。
理由：鉴定意见没有如实反映张某在会计工作中存在的违反坚持准则、诚实守信、客观公正会计职业道德的问题。
