根据《财政部 国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税[2005]165号）规定：“一般纳税人注销时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。”由于增值税是价外税，增值税留抵税额未纳入企业会计损益核算，如果企业处于正常经营状态，留抵税额实际上具有一定的“资产”特征，可以减少其纳税义务。但根据财税[2005]165号文件精神，企业清算时增值税留抵税额不能抵税，只能将其转入存货的成本。
企业清算是处置资产、清偿债务、投资者收回资本的过程，增值税留抵税额在资产负债表中“应交税费”科目核算，属于“应交税费”的负数余额。
在企业注销过程中，增值税留抵税额处理主要有以下几个问题：
一、企业清算时存货和已抵扣进项税金的固定资产发生非正常损失。
企业清算时应先进行资产评估、清查，对存货和已抵扣进项税金的固定资产发生非正常损失的，应根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条的规定，应作进项税额转出处理，需补缴增值税，调减增值税留抵税额。
二、企业清算时仍有存货和已抵扣进项税金的固定资产。
根据《财政部 国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号），企业清算时，全部资产均应按可变现价值或交易价格，确认资产转让所得或损失。企业在向股东分配剩余存货和已抵扣进项税金的固定资产前，需以销售、抵顶债务方式处理存货和已抵扣进项税金的固定资产时，可以用增值税销项税金抵减留抵税额，留抵税额抵顶完毕的，需缴纳增值税；留抵税金未抵减完毕并将存货和已抵扣进项税金的固定资产作为剩余财产向股东分配的，其留抵税金税务机关不再退税，鉴于留抵税额属于“应交税费”的一项内容，应作为“负债清偿损益”处理。应将其填入《中华人民共和国企业清算所得税申报表填报说明》（国税函[2009]388号）附表二《负债清偿损益明细表》第9行“应交税费”中，并以此在清算申报表主表第2行“负债清偿损益”中反映。
需要说明的是，尽管《中华人民共和国企业清算所得税申报表》包括“清算税金及附加”项目，清算税金及附加主要指清算环节发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加，企业清算环节缴纳的增值税无法在本企业抵扣，不再将其作为价外税，允许作为“清算税金及附加”处理。
三、企业清算时没有存货和已抵扣进项税金的固定资产，直接将剩余财产向股东分配，税务机关对留抵税金不再退税，将其填入《中华人民共和国企业清算所得税申报表填报说明》（国税函[2009]388号）附表二《负债清偿损益明细表》第9行“应交税费”。
综上，企业注销清算时，应考虑留抵进项税额的处理问题，否则可能出现少计“负债清偿损益”，多缴清算企业所得税；或者被税务部门追缴税款、滞纳金以及税务行政处罚。
