(1)函证范围不同
函证银行存款时，注册会计师应向被审计单位在本年度内存过款的所有银行发函;
函证应收账款时，注册会计师不需要对被审计单位所有的应收账款进行函证。一般情况下，账龄长，金额大的应收账款是注册会计师必须向债务人函证的对象。
函证应付账款时，注册会计师根据需要进行函证，也可以不进行函证。对于选择函证时，注册会计师应选择较大金额的债权人，以及那些在资产负债表日金额不大，甚至为零，但是作为企业重要供货人的债权人，作为函证的对象。
(2)函证方式不同
函证银行存款采用积极式询证函;
函证应收账款分为积极式函证和消极式函证两种。
函证应付账款最好采用积极函证方式。
(3)函证内容不同
银行询证函不仅询证被审计单位在银行的存款，还要函证借款。询证费用可直接从被审计单位存款账户中收取;
企业询证函不仅询证被审计单位应收账款，还要询证预收账款，且在询证函中要说明函证仅为复核账目之用，并非催款结算。
应付账款函证内容就是应付的金额。
(4)函证的时间不同
应收账款和银行存款一般在期末或之后函证;而对应付账款，在资产负债表日函证更有效。
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