引起胃肠炎食物中毒的细菌很多，常见的有下列6种：
(一)沙门氏菌 为肠杆菌科沙门氏菌属，据其抗原结构和生化试验，目前已有2000余种血清型，其中以鼠伤寒沙门氏菌、肠炎沙门氏菌和猪霍乱沙门氏菌较为多见。该菌为革兰氏阴性杆菌，需氧，不产生芽胞，无荚膜，绝大多数有鞭毛，能运动。对外界的抵抗力较强，在水和土壤中能活数月，粪便中能活1～2个月，在冰冻土壤中能越冬。不耐热，55℃、1h或60℃、10～20分钟死亡，5%石炭酸或1：500升汞5分钟内即可将其杀灭。
多种家畜(猪、牛、马、羊)、家禽(鸡、鸭、鹅)、鱼类、飞鸟、鼠类及野生动物的肠腔及内脏中能查到此类细菌。细菌由粪便排出，污染饮水、食物、餐具以及新鲜蛋品、冰蛋、蛋粉等，人进食后造成感染。致病食物以肉、血、内脏及蛋类为主，值得注意的是该类细菌在食品中繁殖后，并不影响食物的色、香、味。
(二)副溶血性弧菌(嗜盐菌)为革兰氏阴性、椭园形、荚膜球杆菌。菌体两端浓染，一端有鞭毛，运动活泼。本菌广泛存在于海水中，偶亦见淡水。在海水中能存活47日以上，淡水中生存1～2日。在37℃、pH7.7、含氯化钠3～4%的环境中生长最好。对酸敏感，食醋中3分钟即死。不耐热，56℃、5分钟即可杀死，90℃、1分钟灭活。对低温及高浓度氯代钠抵抗力甚强。目前已发现本菌有12种菌分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ型。从患者粪便分离出菌株属于Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型，自致病食物分离的菌株90%以上属于Ⅳ、Ⅴ型。致病性菌株能溶解人及家兔红细胞，称为“神奈川”试验(kanagawa test)阳性。其致病力与其溶血能力平行，这是由一种不耐热的溶血素(分子量42000)所致。本菌能否产生肠毒素尚待证明。带鱼、黄鱼、乌贼、梭子蟹等海产品带菌率极高，被海水污染的食物、某些地区的淡水产品如鲫鱼、鲤鱼等及被污染其他含盐量较高的食物如咸菜、咸肉、咸蛋亦可带菌。
(三)大肠杆菌 为两端钝园的革兰氏阴性短杆菌，多数菌株有周鞭毛，能运动，可有荚膜。体外抵抗力较强，在水和土壤中能存活数月，在阴凉处室内尘埃可存活1个月，含余氯0.2ppm的水中不能生存。本菌属以菌体(O)抗原分群，以荚膜(K)抗原(A、B、L)和鞭毛(H)抗原分型，目前已发现170多个血清型。本菌为人和动物肠道正常寄居菌，特殊条件下可致病。在大肠杆菌中，能引起食物中毒的菌种有16个血清型，亦称为致病性大肠杆菌(enteropathogenic E coli EPEC)，其中常见的血清型为O111、O114、O128、O55、O20、O119、O86、O125、O127等。
(四)变形杆菌 为革兰氏阴性、两端纯园、无芽胞多形性小杆菌，有鞭毛与动力。其抗原结构有菌体(O)及鞭毛(H)抗原2种。依生化反应的不同，可分为普通、奇异、莫根、雷极及不定变形杆菌5种。前三种能引起食物中毒。本菌广泛存在于水、土壤、腐败的有机物及人和家禽、家禽的肠道中。此菌在食物中能产生肠毒素。莫根变形杆菌并可使蛋白质中的组氨酸脱羧成组织胺，从而引起过敏反应。致病食物以鱼蟹类为多，尤其以赤身青皮鱼最多见。近年来，变形杆菌食物中毒有相对增多趋势。
