人体肛门区域末梢神经丰富，感觉非常敏锐，因手术的创伤均可引起肛门周围不同程度的末梢神经损伤，手术伤面修复、愈合，继之瘢痕形成，同时会伴有末梢神经的长入，由于括约肌的痉挛、挛缩或炎症刺激，即可引起疼痛。中医认为，手术创伤，可损伤经络，以致气滞血瘀，因而引起疼痛。
肛瘘患者手术伤面愈合后在半年内有部分病人可出现瘢痕一过性疼痛，短者几秒钟，长者数分钟，或者每于阴天加重，一般不需特殊处理，作好解释或用温开水坐浴即可。若疼痛明显影响生活时，应及时找原手术医师查看伤面情况，排除有无肛瘘复发、桥形愈合、感染遗留支管等情况，必要时，根据病情再作处理。确无以上情况，可采用每晚中药坐浴，如当归、桃仁、红花、芒硝、大黄、苏木、金银花等，以活血化瘀，通络止痛。
