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一、受案范围
行政许可机关作出的以下关于许可与否、许可后效力变化的管理以及许可前实施过程行为可以被诉：
1. 许可机关作出的实体上行政许可与否的决定以及相应的不作为。许可了，往往原告为行政程序中的利害关系人;不予许可的，申请人将成为原告。
2.许可机关就许可的变更、延续、撤回、注销、撤销等事项作出的管理行为及其相应的不作为。
3.查阅权诉讼：许可机关未履行公开行政许可决定或者未提供许可监督检查记录的，《行政许可法》第40、61条虽然用了“公众”一词但结合目前我国的行政诉讼体制，此时的原告还是应限定特定的利害关系人。查阅权属知情权的范畴，不属于人身权、财产权。
4.起到事实上终止许可的过程行为。一般而言，许可机关在实施许可过程中的程序性告知、听证等通知行为具有不可诉的性质，但足以导致行政许可程序对上述主体事实终止的又具有了可诉性。
二、被告
原则上，以作出行政许可决定的下级或者上级机关为被告。
1. 下级决定但须经上级批准的：行政许可依法须经上级行政机关批准，当事人对批准或者不批准行为不服一并提起诉讼的，以上级行政机关为共同被告
2.下级初审，上级决定的：行政许可依法须经下级行政机关初步审查并上报，当事人对不予初步审查或者不予上报不服提起诉讼的，以下级行政机关为被告。当然，此处的下级含法律、法规授权的组织。
3.“统一办理”或“并联审批”的，以对当事人作出具有实质影响的不利行为的机关为被告。
例，根据某市政府决定：凡涉及申请互联网上网经营场所的，均由该市文化局统一受理许可申请，再由工商、公安部门在各自职权范围内提出处理意见。现李某申请开办网吧，市文化局统一受理该许可申请后，其他部门均同意该申请，但市工商局认为其不具有经营资质，不同意该申请，最终导致该申请不予批准许可。李某不服该决定现提起行政诉讼。那么下列那一说法正确?[B]
A. .以该市文化局作为被告
B 以该市工商局作为被告
C 以该市工商、公安部门为共同被告
D. 以该市文化局、工商、公安部门为共同被告
三、行政许可案件的审理
1.被告怠于举证及其补救。被告在诉讼程序中怠于举证发生在后，行政许可行为发生在之前的行政程序中，且受到信赖保护原则的约束，如果仅因为被告疏于举证就撤销一个有利行政，对被许可人来讲恐怕也显示公平，故而，为此种情形设置的特殊规则为：被告不提供或者无正当理由逾期提供证据的，与被诉行政许可行为有利害关系的第三人可以向人民法院提供;第三人对无法提供的证据，可以申请人民法院调取;人民法院在当事人无争议，但涉及国家利益、公共利益或者他人合法权益的情况下，也可以依职权调取证据。第三人提供或者人民法院调取的证据能够证明行政许可行为合法的，人民法院应当判决驳回原告的诉讼请求。
2.法律适用。
第一，适用新法为原则：人民法院审理行政许可案件，应当以申请人提出行政许可申请后实施的新的法律规范为依据。
但是，判断许可行为的基准法应为当时旧法，以下条件下应当适用旧法：其一，行政机关在旧的法律规范实施期间，无正当理由拖延审查行政许可申请至新的法律规范实施;其二，适用新的法律规范不利于申请人的。
第二，准予行政许可决定违反旧法但符合新法的，此时被称作旧法下的行政许可瑕疵被新法“治愈”。此时，被许可人的利益实际上已经受到新法的保护，随着法律的发展，行政许可已经具有一种值得法律保护的法安定性价值，故在处理方式上不宜判决撤销，应当首选判决确认该决定违法，但仍保留行政许可的效果。同时，如果准予行政许可决定不损害公共利益和利害关系人合法权益的，还可以判决驳回原告的诉讼请求。
第三，对关联行政行为的审查标准
这里的关联行为指作为被诉许可行为基础的行政决定或者文书，如其他前置审批行为。法院对这些前置行为的审查标准低于民告“官”的行政诉讼合法性审查，即五项标准(“五指论”)，见《行政诉讼法》第5条和第54条;高于“官”告民的对非诉案件执行法院行政庭的审查标准，即三项重大违法标准，见《行诉法解释》第95条——多出一项“超越职权”。确立为四项标准，有这四项之一的法院就不予认可。
四、判决
1. 不予许可案件的判决：法院认为原告请求准予许可的理由成立，且被告没有裁量余地的(羁束行政)，可以在判决理由中写明，并判决撤销不予许可决定，责令被告重新作出决定。这时行政审判权将行政权“逼到的墙角”，司法审判权实际上取代行政权作出了应否予以许可的实质判断。
2.查阅权诉讼的判决：被告无正当理由拒绝原告查阅行政许可决定及有关档案材料或者监督检查记录的，人民法院可以判决被告在法定或者合理期限(法院指定期间)内准予原告查阅。
例，刘某夫妇经营着“好在来”餐馆，一日，卫生局的两位卫生监督员突然“造访”该店在对其餐厅进行细致检查后，做出了相关记录。刘某夫妇7日后到卫生局要求查阅那天的归档的食品卫生检查记录，随后卫生局一再拒绝向刘某夫妇提供相关卫生监督检查记录，该夫妇认为该行为侵犯了其合法权益向法院起诉，以下说法正确的是?[B、D]
A.法院不予受理，已受理的裁定驳回起诉
B.法院应当受理
C.法院应当驳回原告的诉讼请求
D.法院可以判决被告在10天期限内准予原告查阅相关记录
五、行政许可中的赔偿和补偿
1.违法赔偿。以下三种情形可称为“多因一果”的责任问题：①共同侵权——连带责任：被告在实施行政许可过程中，与他人(往往是第三人)恶意串通共同违法侵犯原告合法权益的，应当承担连带赔偿责任;②混合侵权——合理按比例确定赔偿份额：被告与他人违法侵犯原告合法权益的，应当根据其违法行为在损害发生过程和结果中所起作用等因素，确定被告的行政赔偿责任……③免除赔偿责任的条件：被告已经依照法定程序履行了审慎合理的审查职责，因他人行为导致行政许可决定违法的，不承担赔偿责任。
2. 合法补偿。①补偿程序：行政先行处理——行政机关依据《行政许可法》第8条第二款规定变更或者撤回已经生效的行政许可，公民、法人或者其他组织仅主张行政补偿的，应当先向行政机关提出申请;行政机关在法定期限或者合理期限内不予答复或者对行政机关作出的补偿决定不服的，可以依法提起行政诉讼。②人民法院审理行政补偿案件可以适用调解。
3.补偿标准，一般在实际损失范围内确定补偿数额;行政许可属于《行政许可法》第十二条第(二)项规定情形的即有限自然资源开发利用、公共资源配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等，需要赋予特定权利事项的，一般按照实际投入的损失确定补偿数额。
例，已经取得生产许可证的家家乐烟花爆竹厂，后因当地有关法规规定，不能在该区域生产烟花爆竹了，由于法律规定本身的变化导致家家乐之前的生产许可证失效，由此给该厂造成了较大的经济损失，下列有关行政补偿问题说法正确的是?[B]
A. 可以直接向法院提起行政补偿诉讼
B. 应先向相关行政机关提出行政补偿的申请
C. 因公共利益需要而改变已经生效的行政许可行为合法，当事人无权要求行政补偿。
D . 应要求行政机关赔偿相关经济损失
