设立证券登记结算机构的根本目的，在于提高证券交易效率，消除证券市场风险。证券交易风险来自多种因素，它可能来自于证券市场的正常价格波动，也可能来自国家政治和经济政策的变动以及金融市场环境的变化，证券交易结算规则对证券市场风险，同样具有重大影响。证券交易的直接后果，是实现证券与货币的互换或交割，即货币持有人改持证券，证券持有人改持货币。保证货币持有人安全、快捷地改持证券，保证证券持有人快捷退出证券市场，显然是证券交易制度必须实现的重要目标。
安全和效率是证券市场监管的基本原则。按照交易安全理念，证券出卖者必须是证券的合法持有人，有权进行证券权利的转移;所谓效率，是指可顺利、无障碍和迅速地实现证券交割过户和投资变现。实现证券交易的安全、效率，是所有证券市场所追逐的目标。但是，任何证券交割或交付过程中，都会遇到各种风险。在有纸化交易场合下，证券交割是通过背书或其他法定方式交付实物证券而完成的。实物证券的毁损或者灭失，会使证券持有人无法向购买方交付约定的证券，证券持有人财务状况恶化甚至被司法机关采取强制措施时，也会影响其实物交割能力。这些情况显然会使证券购买者面临巨大商业风险，它甚至会影响到证券购买者向其他权利人交付证券，从而引起某种连锁反应。无纸化交易并没有从根本上改变证券交易风险的存在，相反，有纸化交易中的实物交割风险以变换方式，在无纸化交易中重新显现出来。在无纸化交易中，购买者也可能会随即卖出刚刚买进的证券，或为购买他种证券而卖出已持有的某种证券。在交易频繁的证券市场环境下，必须最大限度地提高交易效率，减少证券逐笔交割和重复交割;必须建立必要的法律制度，确保证券卖方是证券的合法持有人，有能力按期交付所出售的证券，以实现证券交易的最大安全性。在这个意义上，消除证券交割风险，提高证券交割效率，是现代证券交易制度的重要内容。
建立证券登记结算机构，可以为证券登记、托管和结算提供安全、有效和快捷的服务。(1)通过证券登记，可以确认证券合法持有人和处分权人的资格。证券登记结算公司根据证券发行人、上市公司或证券经营机构提供的股东名册及其持股资料，将股东名册与其持股情况作出统一性认定，借此确认特定股东及持券情况，将其记载于法定表册中。 (2)证券托管，有时也称“存管”或“保管”，指托管委托人将其名下持有或受托保管的实物证券，交存给托管人实行代保管的活动。根据我国现行法，上市公司或拟上市公司必须遵守强制托管规则，将其发行的股票交给证券登记机构托管;对于非上市公司所发行证券，采取任意托管方式，即证券发行人经与证券登记机构协商后，将所发行证券交证券登记机构保管。强制性托管大致分为上市前托管和上市后托管，上市前托管是股份公司取得股票发行人资格的前提，上市后托管则是上市公司的法定义务。(3)证券清算是将买卖双方及证券公司之间的证券买卖数量和金额分别予以抵销，计算应收应付证券和款项的特殊程序，以实现证券和款项的最少实际交割数量。通过证券托管和清算程序，可以简化证券交割手续，避免交叉交割和重复交割。
适应证券投资者人数众多，交易频繁以及交易具有高风险等特点，适应电脑化和无纸化交易的客观需要，证券交易参加者为了规避交易风险，提高投资效率，迫切需要获得安全、有效和快捷的登记、托管和结算服务。建立安全、高效和快捷的证券登记结算机构和体系，是确保证券交易安全、有效的重要条件。证券登记结算制度，作为一项旨在促进证券发行与流通的合理制度，其运作基础系由专门的证券登记结算机构为保管流通证券，为各投资者设立资金或证券账户，运用账户之间钱款划拨方式，处理证券买卖手续，减少实物证券的移转数量与规模，提高结算和交割效率的重要制度。合理的证券登记结算制度，有助于实现证券交易的安全、高效与快捷。
首先，它有助于提高交易的安全性。合理的登记结算体系，能够减少证券交易过程中出现的实物证券的频繁转移，进而避免实物证券转移中出现的毁损、遗失风险，提高证券交易的安全性;即使是在证券办理过户期间，投资者依然可以进行证券交易，而无须亲自前往发行公司或股务代理机构办理过户手续;登记结算制度还可以减少股票伪造或变造对证券交易安全性的影响。
其次，它有助于降低交易成本。实物证券发行、转让和交付需要发生较高成本。发行公司要花费巨大人力、物力、财力和时间，进行证券设计、印制、运送。我国过去以发放认购表方式发行股票，不仅使得股份公司苦不堪言，而且证券经营机构也必须进行实物证券点数、抄录和核对，并将为此花费巨大的人力、物力和财力。即使如此，也难以避免点数、抄录和核对错误。
最后，它有助于提高证券的流通性。合理、高效的证券登记结算体系，可以在瞬间完成证券及款项的交割，最大限度地消除证券交割的在途时间。这对于追求效益的现代证券交易而言，显得尤其重要。就国际发展趋势而言，各国都在逐渐推行集中登记与清算制度，现代科技发展状况已为这种证券登记清算体系的有效存在提供可能与条件。
《证券法》第146条第1款规定，证券登记结算机构为证券交易提供集中的登记、托管与结算服务，是不以营利为目的的法人。据此，证券登记结算机构有如下特点：
1.证券登记结算机构是非营利法人。非营利法人是从事非商业性活动且不向成员分配利益的法人组织。我国现有证券登记结算机构虽然多以“公司”命名，但分别隶属于上海和深圳证券交易所，也不向其成员分配利润，在性质上依然属于非营利法人。在大陆法系国家中，法人组织按照其设立及存续基础为成员或财产，分为财团法人与社团法人。证券登记结算机构并非采取会员制，也没有组成成员，纯系财产的集合，故被视为“财团法人”。
2.证券登记结算机构是专业服务机构。证券登记结算机构负责向委托人提供证券集中交易所需的登记、托管和结算服务。这就意味着，证券登记结算机构在证券交易中发挥着交易服务功能，它不是证券交易的直接参与者和投资者，也不得以托管证券进行投资或融资。根据实践做法，证券登记结算机构应与上市公司签署并执行“股份登记服务合同”，按照约定承担登记、过户、清算等方面的义务，并根据“股份登记服务协议”收取相应费用。
3.证券登记结算机构是法定必设机构。根据《证券交易所管理办法》第64条规定，证券交易所应当设立一个证券登记结算机构，为证券发行和场内交易提供集中的登记、存管、结算与交收服务。任何证券交易所都必须附设一证券登记结算机构。就目前情况看，上海及深圳的证券交易所均设有证券登记结算公司。其中，上海证券交易所原附设的证券登记结算机构称为“上海证券登记中央登记公司”。深圳证券交易所原设立的证券登记结算机构称为“深圳证券登记有限公司”，后改组为深圳中央结算公司。《证券法》仅就证券登记结算机构的含义、设立、职责和运行规则等作出规定，未明确规定各证券交易所均须设一证券登记结算机构。
4.证券登记结算机构是特许法人。依照《证券法》规定，证券登记结算机构的设立和结算，必须获得国务院证券监管机构的批准，其名称也应当标明“证券登记结算”字样。由于现行法对证券登记结算机构应属事业单位或社会团体法人问题未作明确规定，在证券监管机构批准设立或解散证券登记结算机构后，是否应办理相应登记手续，处于不确定状态。若属社会团体法人，应向社会团体法人的法定登记机关办理登记手续;若属事业单位法人，因现行法没有强制登记要求，故事实上无需登记。
