为了消灭和抑制体内的病原体，强调早期应用有效的抗生素。如治疗过晚，脏器功能受到损害，治疗作用就会减低。青霉素应早期使用，有提前退热，缩短病期，防止和减轻黄疸和出血的功效，首次剂量为40万u，以后治疗剂量每日120～160万u，分3～4次肌肉注射，避免发生赫氏反应，儿童剂量酌减或与成人基本相同。疗程7天，或体温正常后2～4日。重症病例剂量加大至每日160万～240万u，分4次肌注，合用肾上腺皮质激素。其他抗生素如四环素、庆大霉素、链霉素、红霉素、氯霉素、多西环素（强力霉素）、氨苄西林等亦有一定疗效。
近年来国内合成的咪唑酸酯及甲唑醇治疗钩端螺旋体病取得满意的效果，两种贵州学习网搜集药物均可口服，副作用不大。咪唑酸酯的剂量成人首次1g，以后每日4次，每次0.5g，待体温恢复正常后2～4天停药。重症患者可增至每日3g，分3次口服，待病情好转后改为每日2g，平均疗程5～7天。约8.1%的病例出现赫氏反应，较青霉素的赫氏反应轻，不需要特殊处理。本品口服后迅速被消化道吸收分布全身，并通过血脑屏障，可作预防用药，主要的副反应为消化道症状、皮疹等。
甲唑醇的剂量成人首次口服剂量1g，以后每日3～4次，每次0.5g，疗程5～7天或热退后3天停药。本品治愈率达94.31%，无赫氏反应。仅部分病人有头晕、腹痛、肠鸣、偶有皮疹、口干等反应。
赫氏反应多发生于首剂青霉素G注射后30分钟～4小时内，因大量钩体被杀灭后释放毒素所致，其症状为突然寒战、高热、头痛、全身酸痛、心率、呼吸加快，原有的症状加重，并可伴有血压下降、四肢厥冷、休克、体温骤降等，一般持续30分钟至1小时，偶可导致肺弥漫性出血，应立即应用氢化考的松200～300mg静滴或地塞米松5～10mg静注，伴用镇静降温、抗休克等治疗。
