从整体上看，地市级以上中医医院建设与发展仍滞后于经济社会的发展，与人民群众日益增长的健康服务需求不相适应，也难以满足中医药事业继承与创新发展的需要，还存在一些亟待解决的困难和问题：
1、中医医院总体上仍然资源不足，现有条件较差。大部分地市中医医院由门诊部、综合医院中医科或第二、第三人民医院改造而成，虽有一定发展，但基础差、底子薄的状况仍没能得到根本性改善，许多中医医院房屋陈旧，基本医疗设备短缺，就医环境差。在446所地市级以上中医医院中，75%的存在业务用房缺口，业务用房缺口面积达237万平方米;现有业务用房面积三分之一需要改造;危房面积为8.4万平方米;50%以上的缺乏基本医疗设备，往往无法承担区域公共卫生服务和群众紧急医疗救治任务，并引发相应的医疗纠纷。由于投入不足等原因，33.6%的地市级以上中医医院经费不足，收不抵支，发展困难。
2、一些现行政策措施不利于中医医院遵循自身规律发展和发挥中医药特色优势。在现行医疗管理制度下，中医的诊病、治病与疗效评价，中药新药的开发，医疗事故的处理，中医药科研成果的评审等，基本是采用西医药的标准来判定，使得中医药按自身规律发展受到限制。在晋升职称和考试方面，一些政策和规定不利于中医从业人员把精力放在提高中医药防病治病能力和学术水平上。由于保障机制等不到位，医院主要靠业务收入来维持运行和发展，许多中医医院选择发展高收入的现代医学技术项目而减少价廉的中医药特色项目。一些中医医院不重视中医特色科室建设，失于对人员的中医药知识与技能培训，疏于对中医药特色诊疗项目应用的管理。中医药在中医医院的地位和作用不同程度下降。
3、中医药人才匮乏。全国地市级以上中医医院有中医执业(助理)医师约3万人，有执业中药师2千余人。在中医执业(助理)医师中，主任医师职称占2%，大专及以下学历者占到54%，近10%的无专业学历。一些中医药从业人员专业思想不牢固，临床上大量采用西医的治疗技术和方法，没能熟练掌握和运用中医药知识与技能。
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