对于《意见》提出的种种限制条件，不少学者也提出质疑。北京理工大学法学教授徐昕认为，“异地高考”问题中涉及本地户籍和非本地户籍两个不同群体的利益，政府在制定政策时并不是站在公正的立场上保障平等教育权，反而介入成了一方当事人的代表。北京理工大学经济学教授胡星斗更指出，《意见》要求各地在制定“异地高考”方案时要根据城市功能定位、产业结构布局等情况，根本没有道理。产业结构、人力资源配置应该由市场而不是政府来决定，政府的人为干预只会使产业结构更为畸形。
针对能不能就地高考“要看这个城市需不需要这个群体”的言论，著名法学家，人称“法治三老”之一的郭道晖认为，改革开放之前以阶级成分来限制受教育权是对部分公民的政治歧视，现在又要用“群体”来作为异地高考的准入条件实质上是倒退。《意见》中要求各地考虑“城市发展需要”和“承载能力”，则是鼓励地方保护主义。一部分公民的平等受教育权由此受到损坏，这更是违反了《宪法》《立法法》等法律确定的原则。
