刑事司法协助的主体应当是我国的司法机关与外国的司法机关，具体包括：
(一)我国的人民法院和外国法院;
(二)我国人民检察院和外国检察机关;
(三)我国公安机关和外国警察机关;
(四)司法行政机关(仅作为司法协助的联系机构，不负责具体的协助内容)。
这里的司法机关是广义的，包括双方的法院和检察机关。我国公安机关与外国警察机关的协作通常通过国际刑警组织进行，但我国公安机关与外国警察机关也有直接的协助关系。司法部司法协助局作为我国对外进行司法协助的中央机关，负责对外联系。除条约有特别规定外，我国的外交部是指定的进行引渡的联系机关。
