(1)gag基因
能编码约500个氨基酸组成的聚合前体蛋白(P55)，经蛋白酶水解形成p17、p24 及p15三种蛋白，位于外层的是内膜蛋白，内层是衣壳蛋白，衣壳蛋白的特异性最高，与其他多种反转录病毒无抗原性关系，p15继续分解成p7和p9，其中 p7为核衣壳蛋白，富含碱性氨基酸，在病毒从宿主细胞出芽释放时，它与病毒RNA结合而进入病毒颗粒，使RNA不受外界核酸酶破坏。
(2)pol基因
编码聚合酶前体蛋白，经切割形成蛋白酶、整合酶、反转录酶、核酸内切酶，均与病毒增殖复制有关。
(3)env基因
编码约863个氨基酸的前体蛋白并糖基化成gp160，产生包膜糖蛋白，包括gp120和gp41.gp120的肽链有些区域(V1-V5)的氨基酸序列呈高度易变性，其高变区的V3肽段含有病毒体与中和抗体结合的位点，HIV病毒在gp120V3环上有中和抗原表位，在病毒与细胞融合中起重要作用。恒定区包括C1-C4，其中C4肽段是病毒体与宿主细胞表面的CD4分子结合的部位。gp120与跨膜蛋白gp41以非共价键相连。gp41的疏水性氨基末端，具有介导病毒包膜与宿主细胞膜融合，促使病毒进入靶细胞内的作用。实验表明，gp41有较强抗原性，能诱导产生抗体反应。
(4)LTR
是病毒基因组两端重复的一段核苷酸序列，含有起始子、增强子及多个与病毒和细胞调节蛋白反应的区域，它们对病毒基因组转录的调控起关键作用，其顺式调控序列，控制前病毒基因的表达。
