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国务院发布决定是国务院根据宪法第八十九条所享有的一项权力。一般是针对某个方面的具体事项作出的、与行政法规不同的一种规范性文件，其制定程序也不同于行政法规，不属于我国法律体系的组成部分。因此，在制定行政许可法的过程中，对于国务院的决定是否可以设定行政许可，有不同意见。
一种意见认为，设定行政许可是一种立法行为，宪法和立法法对立法的形式作了明确规定，国务院的决定不属于法的渊源，由它来设定行政许可与行政许可法定的原则不符，也与现有的立法体制不协调;现在对国务院发布的文件中什么是行政法规，什么不是行政法规已经分清楚了，国务院如果需要设定行政许可，可以用制定行政法规的方式，没有必要再用决定的方式设定行政许可。因此，不赞成国务院决定可以设定行政许可。
一种意见赞成赋予国务院决定行政许可设定权，理由是：(1)行政许可法取消了国务院部门规章的行政许可设定权，而现在部门规章设定的行政许可量比较大，经过清理，有一些还需要保留，但又不可能马上都上升为行政法规，可以通过国务院发布决定的方式，对需要保留的部门规章设定的行政许可作一揽子规定;(2)加入世贸组织以后，出现一些紧急情况，需要我国有相应的应急措施。如当某个国家在贸易方面对我国出口的产品采取禁止、限制或其他歧视性措施时，我们有权按照对等原则采取相应措施，实施进出口许可和配额管理等临时性行政许可，由于以后国务院部门规章不能设定行政许可，就需要国务院作出决定。但这些限制措施一般是属于临时性的，也不可能制定行政法规;(3)目前，我国还有一些管理领域，法制不太健全，没有法律，行政法规也很少，实践中主要靠“红头文件”在管，在今后一段时间内，制定法律的时机还不成熟，由国务院决定设定行政许可来管，是一个现实可行的选择;(4)在改革开放的过程中，在国有企业改革、促进就业与再就业、社会保障等方面有一些试点、试验的事项，先是用政策作指导，在局部地区、特定领域实施，积累经验，在制定法律、行政法规前，也需要采取行政许可的方式实施管理，防止出现混乱。
还有一种意见认为，国务院的决定在制定程序和法律效力与行政法规不同，如果要赋予其行政许可设定权，也要与行政法规有所区别，必须限定条件。
