perl应用：SNP的提取（3）：18个样品SNP的合并,+忽略-多的行
在（2）中我们只是取出了一个sample的snp位点，我们的想法是把所有的SNP位点统计到一个文本里面，这样，我们就可以看出哪些SNP位点的出现的频率更大。也就是哪些是真正的SNP位点，只出现在一个样品中的SNP位点，有可能是因为测序不准，导致的假阳性。
思路如下：
1.先打开第一个样品的snp位点，然后将snp在ref的位置和碱基作为hash的key，然后把样品的碱基作为value。
2.先打开第二个样品的snp位点，然后与我们得到的hash进行查找，如果有这个位点，那么就加上第二个样品的碱基。如果不存在，就把这个新的位点加入到hash中
3.打开第三个样品的snp位点，然后我们得到。。。。。。。。。。。。。。
4打开第四个样品的。。。。。。。。。。。
5打开第五个。。。。。。
6打开。。
。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
一直把18个样品都处理完，然后把得到的结果进行输出就ok了。
程序如下：
#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;my @datas;my $data;my $numb=0;my $output;open (SNP,"Chr1_join.txt")||die("can not open !");open (MORE,">3_more_snp.txt")||die("can not open!");while(<SNP>){$output=$_;@datas=split;foreach $data(@datas) {if ($data=~"-"){$numb++;}else{next;}}if ($numb<15){$numb=0;print MORE "$output\n";}else{$numb=0;}}