(四)色氨酸系生物碱(吲哚类生物碱)
是类型较多、结构较复杂、化合物数目最多的一类生物碱。主要分布于马钱科、夹竹桃科、茜草科等几十个科中。如存在于吴茱萸中的吴茱萸碱，麦角菌中的麦角新碱等。
(五)萜类生物碱
1.单萜类生物碱：主要为环烯醚萜衍生的生物碱，多分布于龙胆科。如龙胆碱。
2.倍半萜类生物碱：主要分布于兰科石斛属植物中，如石斛中的石斛碱。
3.二萜类生物碱：主要存在于毛茛科乌头属、翠雀属和飞燕草属植物中，基本母核为四环二萜或五环二萜。如乌头碱、乌头次碱。另外，红豆杉属植物中紫杉醇等紫杉烷类生物碱，也为二萜生物碱。具有抗癌作用。
(六)甾体类生物碱
都具有甾体母核，但氮原子均不在甾体母核内。如存在于黄杨科黄杨属植物中的环常绿黄杨碱D，藜芦中的藜芦胺碱。
