二、纸质手册管理下的保税加工货物报关程序
纸质手册管理模式的主要特征是以合同为单元进行监管，其基本程序是合同备案，进出口报关，合同报核。分述如下：
(一)合同备案
1.合同备案的含义
加工贸易合同备案是指加工贸易企业持经批准的加工贸易合同到主管海关备案，申请保税并领取加工贸易手册或其他准予备案凭证的行为。
海关受理合同备案，是指海关根据国家规定在接受加工贸易合同备案后，批准合同约定的进口料件保税，并把合同内容转化为手册内容或作必要的登记，然后核发手册或其他准予备案的凭证。
对符合规定的加工贸易合同，海关应当在规定的期限内予以备案，并核发加工贸易手册或其他准予备案的凭证。对不予备案的合同，海关应当书面告知经营企业。
2.合同备案的企业
国家规定开展加工贸易业务应当由经营企业到加工企业的所在地主管海关办理加工贸易合同备案手续。经营企业和加工企业有可能是同一个企业，也可能不是同一个企业。
(1)经营企业
经营企业，是指负责对外签订加工贸易进出口合同的各类进出口企业和外商投资企业，以及经批准获得来料加工经营许可的对外加工装配服务公司。
(2)加工企业
加工企业，是指接受经营企业委托，负责对进口料件进行加工或者装配，且具有法人资格的生产企业，以及由经营企业设立的虽不具有法人资格，但实行相对独立核算并已经办理工商营业证(执照)的工厂。
3.合同备案的步骤
企业办理加工贸易合同备案前需要报商务主管部门审批合同，领取“加工贸易业务批准证”和“加工贸易企业经营状况和生产能力证明”;需要领取其他许可证件的还要向有关主管部门申领许可证件。然后进入海关合同备案的程序，其步骤为：
(1)将合同相关内容预录入与主管海关联网的计算机。
(2)由海关审核确定是否准予备案。准予备案的，由海关确定是否需要开设加工贸易银行保证金台账。
(3)需办理开设台账手续的，应向银行(中国银行、工商银行)办理台账保证金专用账户设立手续。已设立台账保证金专用账户的企业，凭“海关注册登记证明”向银行进行一次性备案登记。
银行与海关目前采用台账电子化联网管理模式。企业在预录入端收到回执后，直接凭银行签发的电子“银行保证金台账登记通知单”向海关办理加工贸易备案手续，无须再往返于海关与银行之间传递单证，有关单证的电子数据均实现网上传输。.
(4)不需要开设台账的，直接向海关领取加工贸易手册或其他备案凭证。
4.合同备案的内容
(1)备案单证
①商务主管部门按照权限签发的“加工贸易业务批准证”和“加工贸易企业经营状况和生产能力证明”;
②加工贸易合同或合同副本;
③加工贸易合同备案申请表及企业加工贸易合同备案呈报表;
④属于加工贸易国家管制商品的需交验主管部门的许可证件或许可证件复印件;
⑤为确定单耗和损耗率所需的有关资料;
⑥其他备案所需要的单证。
(2)备案商品
①加工贸易禁止类商品不准备案;
②进出口消耗臭氧层物质、易制毒化学品、监控化学品，在备案时需要提供进出口许可证或两用物项进出口许可证复印件;
③进出口音像制品、印刷品、地图产品及附有地图的产品，进口工业再生废料等，在备案时需要提供有关主管部门签发的许可证件或批准文件。
(3)保税额度
加工贸易合同项下海关准予备案的料件，包括为履行产品出口合同进H直接用于加工出H产品而在生产过程中消耗掉的数量合理的触媒剂、催化剂、磨料、燃料，全额保税。
加工贸易合同项下海关不予备案的料件，以及试车材料、未列名消耗性物料等，不予保税，进口时按照一般进口货物照章征税。
(4)台账制度
按加工贸易银行保证金台账分类管理的原则，或不设台账，或设台账不付保证金，或设台账并付保证金。
为了简化手续，进口料件金额在1万美元及以下的，适用AA类、A类、B类管理的加工贸易企业按规定不设台账或台账保证金空转，因此也不必向银行交付保证金。适用AA类、A类、B类管理的加工贸易企业进口金额在5000美元及以下的客供服装辅料(拉链、纽扣、鞋扣、扣绊、摁扣、垫肩、胶袋、花边等78种)免领手册，但必须凭出口合同向主管海关备案。
5.合同备案的凭证
海关受理并准予备案后，企业应当领取海关签章的加工贸易手册或其他准予备案的凭证。
(1)加工贸易手册
按规定可以不设台账的合同，在准予备案后，由企业直接向受理合同备案的主管海关领取海关签章的加工贸易手册。
按规定在银行开设了台账的合同，由企业凭银行签发的“银行保证金台账登记通知单”，到合同备案主管海关领取海关签章的加工贸易手册。
经海关批准，企业在领取加工贸易手册的基础上，可以根据不同的情况，申请领取加工贸易手册分册。
加工贸易手册分册是指异地深加工结转需要的情况下，由企业申请并经主管海关核准，在加工贸易手册(总册)的基础上，将总册的部分内容重新登记备案，载有该部分内容、有独立编号的另一本手册。加工贸易手册分册进出口报关时可以与原手册分开使用，但必须同时报核。
(2)其他准予备案的凭证
对为生产出口产品而进口属于国家规定的78种列名服装辅料，且金额不超过5000美元的合同，除C类企业外，免予申领手册，直接凭出口合同备案准予保税后，凭海关在备案出口合同上的签章和编号直接进人进出口报关阶段。
6.合同备案的变更
已经海关登记备案的加工贸易合同，其品名、规格、金额、数量、加：工期限、单耗、商品编码等发生变化的，须向主管海关办理合同备案变更手续，开设台账的合同还须变更台账。
合同变更应在合同有效期内报原商务审批部门批准。为简化合同变更手续，对贸易性质不变、商品品种不变，合同变更的金额小于l万美元(含1万美元)和合同延长不超过3个月的合同，企业可直接到海关和银行办理变更手续，不需再经商务主管部门重新审批。
1万美元及以下的备案合同，变更后进口金额超过1万美元的，适用AA类、A类、B类管理的企业，需重新开设台账的，应重新开设台账;东部地区适用B类管理的企业的合同金额变更后，进口料件如果涉及限制类商品的，由银行按海关计算的金额加收相应的保证金。
因企业管理类别调整，合同从“空转”转为“实转”的，应对原备案合同交付台账保证金。经海关批准，可只对原合同未履行出口部分收取台账保证金。
管理类别调整为D类的企业，经海关批准，对已备案合同允许交付全额台账保证金后继续执行，但合同不得再变更和延期。
对允许类商品转为限制类商品的，已备案合同不再交付台账保证金。对原限制类或允许类商品转为禁止类的，对已备案合同按国家即时发布的规定办理。
