就企业物流成本而言，目前介绍较多也比较完善的统计工具有两个，分别采用现有的会计核算体系和作业成本会计体系。
所谓现有的会计核算体系，也就是利用现有的财务报表进行物流成本核算。而企业的两个主要会计报表是资产负债表和损益表，分别反映的是一个企业在特定时点上的财务状况和一定时期内与企业经营相关的收入及费用成本。在此情况下，体现在现有会计报表中的物流成本属于可视成本开支，即显性成本。然而，在部分学者看来，它只是企业物流成本的一部分，另一类隐性成本，如库存积压降价处理、库存呆滞产品、回程空载、产品损耗、退货、缺货损失等，也应该计入企业物流成本的范畴（张梅琳，2002）。
结合中国企业计算物流成本的实践，我们可以按照现有的会计核算体系统计物流成本的完备程度，把它们分为三个等级。第一等级是指物流核算只考虑了企业对外部运输业者所支付的运输费和向公共仓库支付的保管费等传统的物流费用，而不考虑存货持有成本和物流行政管理成本。这反映了国内大多数企业对物流成本的认识层次，对于现代物流成本的核算来说，是远远不够的。第二等级是在企业物流成本的统计框架内不仅包含了运输费（包括包装费与搬运费）、仓储费（仓库的固定资产折旧、设备折旧），也包含了直接人工费、利息费用、办公费、低值易耗品的摊销和存货损失 等，尽可能地把企业发生的显性成本都涵盖了进去。这在技术上是可行的，也是很有必要的，是目前发达国家已经达到的阶段和我们行动的目标。即使如此，对企业总的人工费、办公费在多大程度上用于物流活动，归入物流成本，仍然存在着一个如何剥离的问题 。第三等级是同时囊括了显性成本和隐性成本在内的企业物流总成本，这对于单个企业的物流管理来说，无疑是极有助益的，它是物流概念向广度和深度的发展趋势在成本领域的反映，但限于一系列操作上的难题，像如何界定和量化隐性成本等，在现有的成本核算体系内还难以实现。
行文至此，我们需要返回去重新强调一下物流成本核算的目的，这就是在于实现物流管理的优化，核算过程并不是企业会计份内的工作。物流成本核算之所以被列入管理会计的范畴，其原因就在于此。我们认为，考虑到企业因核算物流成本而增加的工作量和时间损耗，物流成本计算到第二等级已经够用。
作业成本会计体系，又称为ABC（Active-Based Costing）成本法，最早可以追溯到20世纪美国会计大师埃里克·科勒（Eric Kohler）教授。他首先在1952年出版的《会计师词典》中提出了作业会计的概念。1971年，乔治·斯坦布斯（George Staubus）对此概念做了全面系统的论述，但当时却没有在理论界和企业界引起足够的重视。直到1988年，美国学者库伯（Robin Cooper）和开普兰（Robert Kaplan）发展了斯坦布斯的思想，提出了以作业为基础的成本计算，并在过去10年中受到广泛的关注。
采用作业成本法核算物流成本是基于如下理论基础，即产品消耗作业，作业消耗资源并导致成本的发生。换言之，它突破了产品这个界限，而把成本核算深入到作业层次；它以作业为单位收集成本，并把成本按作业动因分配到产品。下图为作业成本法核算物流成本的逻辑流程。
应用作业成本法核算物流成本时，通常会发现核算结果要比基于传统会计体系核算的结果大出许多，这被间接地当作前者优于后者的依据 。不过，根据作业成本法核算物流成本的逻辑流程来看，至少可以证明一点，即由于它是从作业层次入手，把成本按活动分类，因此便于企业分析成本结构，暴露物流流程问题，改进管理水平。Pohlen and Lalonde（1994）曾阐述了作业成本法在物流管理中的作用：识别冗余活动；发现某一个或多个渠道成员的过多资源消耗；以及渠道结构变更分析 。
尽管作业成本法被认为是确定和控制微观物流成本最有前途的方法，但是它的有效使用首先必须有一套能够控制物流活动过程的预算体系和物流服务绩效管理指标体系相配套；其次，在核算过程中，资源成本分配和作业成本分配环节会牵涉到分配方法和工作量的问题，大多数需要借助于信息技术才能完成。目前，对于微观物流成本的核算，除了介绍和应用较多的传统成本
会计、作业成本会计之外，也有一些学者基于供应链的思想和隐性成本难以度量的考虑，提出了其他物流成本的统计办法。比如基于成本指数的物流成本评价体系，通过模糊分级办法构建评价指标，确定相应的状态指数和指数权值，进而计算出成本指数 ；或者在分析隐性成本时引入模糊聚类分析法等。它们都是把模糊数学的思想应用到微观物流成本统计的典型例子，具有一定的借鉴意义。但我们感到，由于其中包含了定性分析的成分，免不了受研究人员主观因素干扰的嫌疑；再者，其可操作性和说服力都有待于进一步证实。因此，这类方法也只限于对前两种定量统计方法作补充使用。
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