会计报表从不同的角度，可以有不同的分类。
会计报表按反映的内容，可以分为职工医疗保险基金收支表和资产负债表。职工医疗保险基金收支表是反映医疗保险基金在月份、季度、年度内的收入、支出和结余情况的报表。资产负债表是反映月末、季末、年末全部资产、负债和基金情况的报表。
会计报表按服务的对象划分，可以分为对外会计报表和对内会计报表。根据《职工医疗保险基金核算办法》（以下简称《办法》）规定，对外报送的会计报表有职工医疗保险基金收支表，资产负债表；对内会计报表是医疗保险机构内部为管理需要而设置的报表，其具体种类和格式由各社会医疗保险机构自行规定。
会计报表按编报的时间分为月报、季报和年报。《办法》规定，职工医疗保险基金收支表和资产负债表均需按月、按季和按年编报。年报是全面反映年度职工医疗保险基金预算收支执行情况及其结果的报表，为了便于阅读和理解，要加报必要的文字说明书，对全年职工医疗保险基金预算执行情况做较为详细的分析说明。
会计报表按编报的层次划分，可分为基层报表和汇总报表。基层报表只反映各经办机构预算执行情况和基金收支情况，汇总报表是职工医疗保险机构和财政部门汇总后编制的报表。《办法》规定的会计报表为基层报表。
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