虽然行政指导与行政处罚之间存在着如上诸多的差异，而深入分析两者的价值取向和实践意义可以得出，二者在价值层面和执法实践中均有着千丝万缕的关联。
1.行政指导与行政处罚本身具有关联性。《行政处罚法》第五条规定：实施行政处罚，纠正违法行为，应当坚持处罚与教育相结合，教育公民、法人或者其他组织自觉守法。这表明处罚与教育相结合是法定原则。事实上，对违法行为的惩戒本身就是一种警示教育，要做到标本兼治、达到行政处罚目的，必须使当事人不仅知道这样做不行，还要知道为什么不行。要达至这一目标，我们在实施行政处罚过程中必须加强解释、说理、答疑等基础工作，近来江苏检验检疫系统正在全面推行的行政处罚“说理式办案”即属于此，而这恰是行政指导在行政处罚实施过程中的具体体现。所以说，行政指导和行政处罚本身具有高度的关联性。
2.两者在实现检验检疫行政管理目标上具有统一性。行政管理的最终目的在于维护公共利益和社会秩序，保障全体人民的合法利益。检验检疫行政处罚的目标并非实施处罚，而是纠正违法行为、预防再次发生，维持良好的检验检疫秩序。检验检疫行政指导则是以劝告、建议等非强制性方式，向相对人施加作用和影响，促使其为或不为一定行为，以达到维护良好检验检疫秩序的目的。由此可见，两者在实现检验检疫行政管理目标上有着相类似的价值取向。
3.两者的结合运用有助于提高检验检疫工作效能。从检验检疫行政处罚的效果来看，虽然每年执法力度不可谓不严，处罚企业不可谓不多，但违法行为数量却未在实质上减少，一些伪造、使用假冒检验检疫单证的严重违法行为仍然存在。同时，检验检疫法律法规的立法已有明显的滞后性，使得行政处罚对于一些违法行为的发生并不能产生很好的纠错作用。而引入行政指导，则可能进一步降低违法行为发生率，或及时纠正轻微违法行为，从而有效地避免检验检疫监管不到位或监管效果不佳的情况。从检验检疫执法成本看，行政处罚在严厉打击违法行为的同时也设置了严格的程序，通常耗时较长、需要人力物力投入较多，执法成本相对较高。而行政指导相对于行政处罚，程序简单、适用灵活，耗费的管理成本较低。因此，二者的结合运用，恰好能取长补短，有效减少行政管理成本。
4.两者均是全面建设法治质检的题中之意。党的十七大提出要全面落实依法治国基本方略，2011年全国依法行政工作会议，提出了加快推进法治政府建设的奋斗目标。2011年质检总局法制工作会议上，提出要全面加强法治质检建设。这就要求，检验检疫部门在严厉打击违法行为的同时，进一步规范行政处罚行为，完善行政处罚机制，而如何进一步规范行政处罚行为、完善行政处罚机制，引入行政指导就是一个很好的途径。同时，法治质检又要求质检工作要以法律法规为依托，各项工作都要有相应的程序，需要按照步骤、按照时限、按照要求严格执行。而检验检疫立法因多方面的局限，其滞后性、抽象性是难以避免的，法律空白始终存在，不可能完全满足检验检疫日常执法的需求，难以提供详尽、有效的法律依据。此时，如果以传统的“无法律即无行政”的观念来限制行政行为，将可能使一些职能的履行陷入瘫痪状态。而行政指导由于更强调当事人的合意和意思自治，以灵活多样的手段、柔和的程序弥补了法律的僵化和滞后性，如果再将日常化的行政指导手段，用规范、文件的形式加以确认和完善，便可以更好地实现法治质检的内在要求。
二、关于检验检疫行政指导在行政处罚中的运用
如前所述，将行政指导引入检验检疫行政处罚在理论上有着可行性和科学性。从近年来部分检验检疫部门的实践来看，在检验检疫工作中引入行政指导，一方面有利于更好地提高监管效能，减少和避免监管对象不配合的现象，并能促使监管对象主动参与检验检疫监管工作，实现行政目的;另一方面，有利于更好地服务地方经济发展，通过政策宣导、质量分析、行政建议等多种手段，帮助企业更好地应对危机;此外，有利于进一步提高执法人员的行政民主、行政法制、行政服务意识，构建与行政管理相对人的和谐关系，促进服务型检验检疫建设。
笔者认为，将行政指导引入检验检疫行政处罚过程，可以从以下三个方面入手：
(一)违法行为发生前。
1.重点项目预警。检验检疫部门通过与地方政府、地方外经贸主管部门等加强联系，主动了解大型进出口项目、新设企业进出口需求等，提供“送法上门”等服务，让行政相对人第一时间了解检验检疫法律法规，从而在进出口环节规范操作。
2.监管过程预警。在委托代理进口的贸易中，实际的收、发货人极有可能并不清楚检验检疫的相关规定，因此在无意中违法。这一现象在进口商品检验过程中经常发生。检验检疫部门可以在职权范围内，对发现的有可能发生违法的苗头性、倾向性行为，及时通过提示、警示、通知等方式，控制违法事态的蔓延，及早纠正违法倾向，尽量避免启动行政处罚程序。
(二)违法行为发生后。
1.不予处罚。《行政处罚法》第二十七条第二款规定：“违法行为轻微并及时纠正，没有造成危害后果的，不予行政处罚。”检验检疫部门对已经立案的轻微违法行为，在没有造成危害后果，并且通过行政指导能达到纠正违法行为，同时能够预防再次发生的情况下，适当作出免予行政处罚的决定。这样在能达到相同行政管理目标的同时，还更有利于缓和矛盾，促进和谐。
2.说理式办案。在行政处罚过程中，对当事人说清事理、说透法理、说通情理，以提高当事人对检验检疫法律法规的认知，争取当事人的配合，增进案件的透明度，促进案件的顺利办结。这可以说是在实施行政处罚过程中以行政指导确保个案公正性的有效途径，能够有效避免因执法不公而造成行政执法权威的落空。
(三)违法行为处置后。
行政处罚回访。在违法行为遭受处罚后，检验检疫部门可结合日常监管等工作，对受过处罚的相对人进行主动回访，了解其对案件处罚是否有想法、有疑义，并可以借机观察其事后整改情况，解答行政相对人的疑问，可杜绝以往“只罚不纠”情形，避免反复发生类似违法行为。
