全面深化农村改革是党和国家的农村方针政策的主要内容之一。专家指出，我国农村改革与发展是一项庞大的系统工程，要在探索中不断开拓创新，总结经验，与时俱进。从建设社会主义新农村的目标要求出发，结合农村的基本现状和农村工作的实际内容，“十一五”期间，进一步深化农村改革，政府应做好以下几方面的工作：
一、健全粮食和食品安全体系
“十一五”期间，乃至未来的几十年内，我国粮食需求总量仍呈增长的态势。粮食安全是国家安全的重要组成部分。为了确保粮食安全，必须做到：
第一，要实行最严格的耕地保护制度。我们要从全局、长远考虑问题，树立科学合理节约用地的观念，正确处理耕地保护与经济社会发展的关系，切实解决占地用地不合理不科学、过多过滥的问题，确保基本农田总量不减少、质量不降低、用途不改变。
第二，要在继续实施粮食直补、良种补贴、农机补贴和保护价收购政策的基础上，加大财政对农业保险的支付力度，建立农业风险防范机制，对遭遇自然灾害的农民给予救助，确保他们的正常生活及再生产，以保护农民种粮的积极性。
第三，要合理确定国家粮食储备规模。要对国家粮食储备体系从制度上重新进行设计，采取有效措施，切实保护粮食生产能力，以应对可能发生的粮食危机，为经济发展和社会进步奠定良好基础。
第四，要确立食品安全目标，加强食品生产安全的管理。
二、以农业结构战略性调整为切入点提高农业竞争力
当前我国农业和农村经济发展中的突出矛盾仍然是结构不合理，主要表现在农产品质量不高，不能适应市场需求的变化；农业区域结构雷同，影响各地比较优势的发挥；农产品加工程度低，制约增值效益的提高和消费需求的扩大。“十一五”期间，农业生产要在确保国家粮食安全的基础上，推进农业结构的战略性调整：
第一，要按比较优势调整农业结构。从长远看，在我国国民经济逐步与国际经济接轨的情况下，根本性的粮食安全保障是发展高效农业，参与国际农业经济循环。调整农业产业结构，应树立效益农业新理念，按国际分工要求，发挥自身优势，强化优势产业，弱化劣势产业，发展高效农业、特色农业。
第二，要加快林业、畜牧业和水产业的发展，推进农产品标准化生产，全面提高农产品的质量和安全水平，提高农业的竞争力和农民的增收能力。
第三，要继续优化农业区域布局，推动优势农产品和特色农产品向优势产区集中，形成优势农产品产业带，促进农业的规模化、优质化、标准化生产，不断提高农业产业化经营水平。
第四，要大力发展农村二、三产业。
三、努力提高农民的生活水平
努力提高农民的生活水平，特别是低收入农民的生活水平，已成为建设社会主义新农村进程中的当务之急。
第一，政府用于农民增收的财政转移支付应该瞄准农村人口特别是农村的低收入人口，确保广大农民群众的生活水平有所提高，与城镇居民的平均生活水平的差距逐渐缩小。
第二，政府要不断加大农村基础设施的投入力度，初步形成覆盖农村地区结构合理的基础设施体系，使农民与城镇市民一样享有平等的生活用水权、照明用电权、出行用路权、联络通讯权，化解基础设施制约农村经济社会发展的状况。
第三，要千方百计增加农民收入，这是提高农民生活水平的根本所在。要坚持以经济建设为中心，把推进现代农业建设、提高粮食生产能力、促进农民收入持续增加作为新农村建设的出发点和基本目标。
四、促进农村社会发展
农村社会发展主要集中在教育、医疗和养老三个方面，促进农村社会发展已成为当前和今后一个时期建设社会主义新农村的重要任务。
第一，要进一步改善农村义务教育的条件，特别要加大非正规教育的供给
第二，要扩大低标准的农村合作医疗保障体系的覆盖范围，进一步加大对农村医疗体系建设的支持力度，进一步改善农村医疗卫生服务，完善农村新型合作医疗制度。
第三，要逐步进行从社区养老保障向社会养老保障的转变，提高农民养老的保障程度和水平。
五、巩固农村税费改革的成果，全面推进农村综合改革
农村税费改革是农村经济社会领域一场深刻的变革，税费改革的真正内涵不是减轻农民负担，而是调整国民收入再分配格局。税费改革的一大任务就是推进以巩固税费改革成果为主要内容的农村综合改革。
在农村基层行政管理体制改革方面，主要是乡镇机构改革。要精简乡镇机构和人员，切实转变政府职能。
在农民负担管理体制的改革方面，主要是建立有效的农民负担监督管理机制。要规范政府行为，严格依法办事，巩固改革成果。
通过改革和完善乡村治理结构，使农村的财力能真正为民所用，从而逐步缩小城乡之间、发达地区与欠发达地区之间人均享受基本公共物品和社会福利的差距。
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