4．命门内寓真火，为人身阳气之根本：“命门者，先天之火也……心得命门而神明有主。如可以应物：肝得命门而谋虑，胆得命门而决断，胃得命门而受纳，脾得命门而转输，肺得命门而治节，大肠得命门而传导，小肠得命门而布化，肾得命门而作强，三焦得命门而决渎，膀胱得命门而收藏，无不借命门之火而温养也”（《石室秘录》）。这种观点把命门的功能，称为命门真火，或命火，也就是肾阳，是各脏腑功能活动的根本。所以周省吾则进一步强调：“命门者，人身之真阳，肾中之元阳是已，非另是一物”（《吴医汇讲》）。
纵观历代医家对命门的认识：从形态言，有有形与无形之争；从部位言，有右肾与两肾之间之辨；从功能言，有主火与非火之争。但对命门的主要生理功能，以及命门的生理功能与肾息息相通的认识是一致的。我们认为肾阳，亦即命门之火，肾阴，亦即张景岳所谓“命门之水”。肾阴，亦即真阴、元阴；肾阳，亦即真阳、元阳。古人言命门，无非是强调肾中阴阳的重要性。
