方药：连理汤。
本方以人参、白术、干姜、甘草温中健脾；黄连清除肠中余邪；加木香、槟榔、枳实调气行滞；加当归和血。发作期，偏湿热者，加白头翁、黄柏清湿热；偏寒湿者，加苍术、草果温中化湿。
休息痢多因寒热错杂，虚实互见，病情顽固者，也可用成药乌梅丸治疗。若大便呈果酱色而量多者，用鸦胆子仁治疗效果较好，成人每服15粒，每日3次，胶囊分装或用龙眼肉包裹，饭后服用，连服7-10日，可单独服用或配合上述方药使用。
休息痢中，若脾胃阳气不足，积滞未尽，遇寒即发，症见下痢白冻，倦怠少食，舌淡苔一白，脉沉者，治宜温中导下，方用温脾汤加减。
若久痢伤阴，或素体阴虚，阴液亏虚，余邪未净，阴虚作痢，痢下赤白，或下鲜血粘稠，虚坐努责，量少难出，午后低热，口干心烦，舌红绛或光红，治宜养阴清肠，方用驻车丸加减。，
临床上，还可见噤口痢，即下痢而不能进食，或下痢呕恶不能食者。朱丹溪说：“噤口痢者，大虚大热。”基本病机是大实或大虚，致胃失和降，气机升降失常。属于实证者，多由湿热或疫毒，上犯于胃，胃失和降所致，症见下痢，胸闷，呕恶不食，口气秽臭，舌苔黄腻，脉滑数，治宜泄热和胃，苦辛通降，方用开噤散加减。药取黄连、石菖蒲、茯苓、冬瓜仁苦辛通降，泄热化湿；陈皮、陈仓米、石莲子、荷叶蒂健脾养胃。全方合用，升清降浊，开噤进食。属于虚证者，以脾胃素虚，或久痢伤胃，胃虚气弱，失于和降所致，病见下痢频频，呕恶不食，或食人即吐，神疲乏力，舌淡苔白，脉弱无力，治宜健脾和胃。方用六君子汤健脾和胃，再加石菖蒲、姜汁醒脾降逆。若下痢无度，饮食不进，肢冷脉微，当急用独参汤或参附汤以益气固脱。
