本病应与泄泻鉴别，两者多发于夏秋季节，病位在胃肠，皆由外感时邪、内伤饮食而发病，症状都有大便增多，然而两病在病位、病机和临床表现等方面都有区别。
病位病机方面，痢疾病位在肠，病机重点是肠中有滞，即湿热，寒湿、疫毒、饮食壅滞肠中，妨碍传导，凝滞气血，脂膜血络受损；而泄泻病位在脾，病机重点是脾失运化，湿浊内生，清浊不分，混杂而下。
临床表现方面，痢疾大便次数多而粪便少，痢下赤自脓血，泄泻泻下为稀薄粪便，颜色黄或白，无赤白脓血；痢疾下痢不爽，里急后重，泄泻泻下爽利甚至滑脱不禁；
痢疾必有腹痛，伴里急后重，腹痛呈持续性，时轻时重，便后痛减而不停止，而泄泻之腹痛或有或无，多伴有肠鸣腹胀，呈阵发性，泻后痛减。因两病都为外感时邪、饮食所伤，故在一定条件下又可以互相转化，或先泻而后转痢，或先痢而后转泻。一般认为先泻后痢病情加重，病机由浅人深；
先痢而后泻为病情减轻，病机由深出浅，所谓“先滞后利者易治，先利后滞者难治”。
