鼠疫耶尔森菌简称鼠疫杆菌，属肠杆菌科，耶尔森菌属。新分离株以美兰或姬姆萨染色，为两端钝圆、两极浓染、椭圆形革兰氏阴性小杆菌，无鞭毛，无芽抱， 有英膜， 兼性需氧。在普通培养基上生长良好但缓慢，在陈旧培养基及化肤病灶中呈多型性。培养最适宜温度28～30 ℃，最适宜 pH 值为6.9-7.1.
本菌菌体含有内毒素，并能产生鼠毒素和一些有致病作用的抗原成分。己证实有18种抗原，即 A-K、 N、 O 、Q 、R 、S 、T 及W（VW），其中 F、T及VW为最主要抗原，为病原菌的特异性抗原。F为荚膜抗原，有高度免疫原性及特异性，检测其中的F1可用于本病的血清学诊断，其抗体有保护作用。V和W抗原为菌体表面抗原，为本菌的毒力因子，与细菌的侵袭力有关。T抗原即鼠毒素，存在于细胞内，引起局部坏死和毒血症，有良好的抗原性，人和动物感染后可产生抗毒素抗体。内毒素可引中毒症状和病理变化，为本菌致病致死的毒性物质。
