内因包括机体内的各种重要条件因素，相同外因作用下，内因条件不同，后果也不同。
（一）遗传因素
临床上早就发现自身免疫性疾病的发生有家族史倾向。在动物实验研究中陆续发现了几种自身免疫病的品（NZB、NAB/NAWF1小鼠OS来亨鸡等）进一步提示遗传与自身免疫病的关系。70年代以来，对人白细胞抗原（HLA）的研究有了很大的进展。发现HLA与某些疾病，特别是与某些自身免疫性疾病的发生密切相关。如患有强直性脊椎炎的病人中90%以上带有HLA-B27抗原。凡带有HLA-B8、DW3、DRW3单体型的人发生多种自身免疫病的危险性比带有其他型的人高得多。Addison病与B8、DR3有关，胰岛素依赖型糖尿病（又称型或青年型糖尿病）与B8、DR3、DDR4、DR3/4有关，类风湿关节炎与DR4有关。慢性甲状腺炎(Hashimoto病HLA-DR5有关。新近，人们对MHC与疾病关联的研究深入到了分子水平。糖尿病低抗者DQβ链第57位是天门冬酸，而易感者常出现丝氨酸、缬氨酸、丙氨酸。在NOD（nonobese diabetic）转基因小鼠中证实了上述结果。
利用小鼠胰岛素依赖型糖尿病（IDDM）模型研究发现，疾病发生受多基因控制。基因之一是与H-2K端相连锁。第二个糖尿病基因座在第9对染色体位于Thy-1与MDD1基因标志之间。通过返交试验发现易感动物至少有3个隐性致糖尿病基因。
遗传易感倾向并非绝对，疾病的外显率也受环境因素影响。
（二）机体免疫系统功能失常
统计数字表明体液或细胞免疫缺陷者自身免疫病的发生率高于正常随机人群。先天性或后天获得性低丙球蛋白血症者自身免疫病的发生率可高达14%，而正常人群（指无免疫缺陷）中的发生率为0,001～0.01%。细胞免疫缺陷常同时伴有肿瘤与自身免疫的高发现象。
胸腺功能不全、慢性病毒感染、增生性变化等与自身免疫的发生有关。SLE患者血清中胸腺激素含量下降，胸腺萎缩，试用胸腺素治疗曾观察到症状缓解。摘除胸腺对重症肌无力者有显著疗效。
