潜伏期因临床类型而异，胃肠炎型者短至数小时，而类伤寒型或败血症型可长达1～2周。
(一)胃肠炎型 是最常见的临床类型，约占75%，多由鼠伤寒、猪霍乱及肠炎沙门氏菌引起。多数起病急骤，畏寒发热，体温一般38～39℃，伴有恶心、呕吐，腹痛，腹泻，大便每日3～5次至数十次不等，大便常为水样，量多，很少或没有粪质，可有少量粘液，有恶臭、偶可呈粘液脓血便。其起病缓急及病情轻重差异很大，轻者无发热，仅有轻度腹泻，重者可呈暴发型引起严重脱水、电解质紊乱以至循环衰竭，偶有类似于“中毒性菌痢”样表现者。本型病程一般2～4天，偶有长达1～2周。
(二)类伤寒型多由猪霍乱及鼠伤寒沙门氏菌所引起。潜伏期平均3～10天，临床症状与伤寒相似，但病情和经过均较伤寒为轻。热型呈弛张热或稽留热，亦可有相对缓脉，但皮疹少见，腹泻较多，由于肠道病变较轻，形成溃疡较少，故很少发生肠出血和肠穿孔。本型偶可以胃肠炎型表现开始，继而出现伤寒的临床症状。病程一般1～3周。
(三)败血症型常见的致病菌为猪霍乱或鼠伤寒沙门氏菌。多见于婴幼儿、儿童及兼有慢性疾病的成人。起病多急骤，有畏寒、发热、出汗及轻重不等的胃肠道症状。发热可持续1～3周，如并发局部化脓病灶，则发热可迁延数月，或有反复急性发作，热型不规则。虽血培养可查到病原菌。但大便培养多为阴性。
