除对症、支持疗法外，主要是减轻血管炎症和对抗血小板凝集，并预防冠状动脉瘤及动脉栓塞。
1.阿司匹林 为首选药物，具有抗炎、抗凝作用。早期与免疫球蛋白联用可控制急性炎症过程，减少冠状动脉病变。用法每日：30～50mg/kg，分3～4次口服，热退后可减为每日3～5mg/kg，持续用药至症状消失，血沉正常，共约1～3月。
2.双嘧达奠(潘生丁) 血小板显著增多或有冠状动脉病变、血栓形成者加用双嘧达莫。每日3～5mg/h，分2～3次口服，用至冠状动脉内径缩到<3mm。
3.大剂量丙种球蛋白静脉滴注(HDIVIG) 早期(病程10天以内)应用可明显减少冠状动脉病变发生，尤其适用于具有发生动脉瘤高危因素者。用法：每日400mg/kg，连用5天，或单剂量丙种球蛋白2g/kg，于12小时内静脉点滴。
4.其他应用抗生素控制继发感染;有心肌损害者可用ATP、辅酶A等。
