由于在免疫学发展的早期形成了牢固的抗感染免疫的概念，以及模板学说的影响，使人们对机体免疫性的认识存在片面性，也使免疫学的进一步发展受到束缚。把机体免疫反应性视为单纯的化学过程，还是生物学过程?机体免疫反应是对外源抗原的特有反应，还是机体对“自己”与“非己”识别的普遍生物学现象?这是从认识免疫现象开始就存在着的分歧。由于近代免疫生物学的进展和细胞系选择学说的提出，才使这些问题获得比较正确的解答。同时对生物机体的免疫反应性也有了比较全面的认识，这一时期自20世纪中至60年代有下述一些主要发现。
1.细胞转移迟发型超敏性的成功Koch在发现结核杆菌之后，企图用结核杆菌给患者皮下再感染以期达到免疫治疗的目的，结果相反，却引起局部组织坏死，称之为Koch现象。这一现象具有特异性但与抗体产生无关。直到Chase 等人(1942)对Koch现象进行了深入研究，证明用致敏豚鼠血清转移给正常动物不能引起结核菌素反应，而用细胞转移则能引起阳性反应。首先证明了结核菌素反应不是由抗体引起，而是由致敏细胞引起，从而证明了机体免疫性除能产生体液免疫外还能形成细胞免疫。
2. 免疫耐受现象的发现Owen(1945)发现自异卵双生的二头小牛个体内有二种血型红细胞共存，称之为血型细胞镶嵌现象。这种不同血型细胞，在彼此体内互不引起免疫反应，把这种现象称之为天然耐受。这是一个重要的发现，同时也提出一个耐人深思的问题。为什么在胚胎期接受异种抗原刺激，不引起免疫反应而形成免疫耐受现象?Burnet从生物学角度提出了一种假说说明这个现象。他认为宿主淋巴细胞有识别“自己”与“非己”的能力。如在机体免疫功能成熟之前引入异物，可作为“自己”成分加以识别，故在成体后对该异物即不引起免疫反应。其后Billingham和Medawar等人(1953)在小鼠体内成功地进行了人工诱导耐受实验，给予Burnet学说以有力支持。自此经典免疫学的观点受到严重挑战，人们开始注意研究免疫生物学问题了。使免疫学的发展进入了一个新的时期，即免疫生物学时期。
