进行航道建设不得危及依法建设的水工程、跨河建筑物和其他设施的安全。因航道建设活动损坏上述设施的，建设单位应当予以修复或者依法赔偿。
征求意见稿还规定了严格的法律责任，其中规定与航道有关的工程不符合本法有关规定的，县级以上地方人民政府交通运输主管部门应当责令相关建设单位停止相关建设活动，处以五万元以上、五十万元以下的罚款;并责令限期拆除违法建筑物、构筑物;逾期不拆除的，由交通运输主管部门组织拆除，所需费用由建设单位承担。
此外，还规定在航道和航道保护范围内采砂、取土损害航道通行条件的，由航道管理机构责令停止侵害、恢复原状，处以十万元以上三十万元以下的罚款等等。
