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国内外许多研究表明，企业的各种战略，包括知识产权战略等，都决定着组织结构，合适的组织结构会促进其知识产权战略的实现。因此，企业战略的变化必然需要其组织结构进行适当的调整。跨国公司不同发展阶段的知识产权战略和商业活动必然要求设计与其战略相匹配的组织结构。
跨国公司在设计其组织模式时需要考虑许多影响因素，如企业知识产权战略、专利技术发展、企业生命周期、环境因素、企业规模和组织与当地文化，还要考虑组织的管理传统和历史发展等。以美国、欧洲和日本的跨国公司为例，其组织模式由于管理传统和历史发展等因素影响呈现不同的特点。
欧洲跨国公司的分散联合体。欧洲的公司在进行早期推行其国际化战略时发现，它们的目标市场所在国的当地政府往往迫于某种压力，对跨国公司采取高关税和歧视性法律等保护国内市场。为了改变这种不利情况，跨国公司往往会在当地建厂，授予当地子公司很大的自主权力，并依靠当地的子公司改进产品和市场营销手段，满足当地市场的需求。这样最终形成了一种由独立的地方子公司组成的松散联合体，各个子公司主要关注它们各自的地方市场。
美国跨国公司的协调联合体。美国公司在国际化过程中采取了不同于欧洲跨国公司的组织模式。由于大多数美国公司的管理倾向分权，同时通过复杂的管理体系和专家进行整体控制，并由公司总部控制企业的经营信息，因此企业的高级管理层可以控制这些自由经营的独立子公司并指引它们发展的方向。同时，尽管国外的子公司常常自由地改进产品和战略来反映市场差异，但是它们对母公司新产品、程序和思想等的依赖决定了它们比分散联合体更容易受到总部的协调和控制，这就产生了美国式的协调联合体。
日本的集中管理模式。日本公司在20世纪70年代进行国际扩张时，采取了不在欧美竞争对手具有优势的市场上进行竞争的策略。它们主要通过其所拥有的全新、高效和规模密集的工厂，利用成本优势和质量保证，并对产品开发、采购和制造实行严格的集中决策和控制等措施开拓国际市场。正是在这种背景下，日本公司倾向于选择集中管理的组织模式。
通过对以上几种组织模式的比较分析可以发现，全球产品结构的主要好处是效率的提高，而全球地区结构的主要好处则是更及时地对本地市场做出反应。但是，当跨国公司要求各地单位必须具有对当地市场的敏锐反应能力和有效利用全球规模经济的能力以及较强的全球学习能力时，传统的国际事业部结构和全球功能性结构则明显不能满足这一要求，因此一些企业尝试采取一种新型的组织模式——跨国网络组织结构。如ABB公司、联合利华公司、宝洁公司和飞利浦公司等。网络组织是借用了神经生理学和计算机科学中网络的概念，它是基于IT应用而发展起来的一种新型的组织形式。目前的学术文献对网络型组织并没有明确和统一的定义，但笔者认为网络组织是一个以IT为工作平台，以企业与社会组织之间以及企业内部各功能单元之间的跨边界资源整合过程中所形成的各种经济性联接为纽带，由活性结点网络连结而构成的协作系统。而跨国网络组织则是跨国公司内外部各单位之间基于某种机制形成的网络型组织。它在全球范围内把企业分为许多不同类型的中心或经营单位，以自由市场模式替代传统的纵向层级组织，按照“弹性集中化”原则运作。
如上述，企业在国际化过程中可以采用的基本组织结构主要有多国母子公司结构(出口部或国际事业部)、全球功能结构(全球地区结构、全球产品结构、全球矩阵结构)和跨国网络结构等组织模式，并且，这几种组织结构各有不同的特点和适用条件。
跨国公司的各种组织模式各有利弊，也各有不同的适用条件和范围，企业在设计其组织结构中需要综合考虑各种影响因素。一般来讲，多国母子结构比较适合于国际化经营的初期对全球战略和当地战略的强调都不高时;全球地区结构能够有效满足“思维全球化，行动当地化”战略的要求;全球产品结构具有更强的全球视野;全球矩阵结构主要是一种过渡结构，在企业实践中效果并不理想;结合信息技术和知识管理的发展，企业对全球战略和当地战略要求都很高时，跨国网络结构往往成为了理想选择。跨国网络组织具有更强的灵活性、适应性和竞争力，它同时也代表着跨国公司组织设计的未来发展方向。
