元代，是中国牡丹发展的低潮时期，长安、洛阳等地能见到的好品种已屈指可数，品种退化，重瓣品种难得一见，因有“千叶独难遇，亦犹千人为英，万人为杰，尤世纪不恒有者”（姚燧《序牡丹》）之叹！明代（公元1368-1644年），牡丹的栽培的中心，转移到了安徽亳州。夏之臣《评亳州牡丹》云：“吾亳州牡丹，年来浸盛，娇容三变，尤在季孟之间。等此而上，有天香一品，石榴红，胜娇容，宫红袍，琉璃贯珠，新红种种不一，杂红最后出，品种难得。又有大黄一种，轻腻可爱，不减三变。佛顶青为白色第一。大抵红花以花子红，银红、桃红为上。”又云：“草堂数武之步，种莳殆偏，率以两色并作一丛，红白异状，错综其间，又以平头紫，庆天香，先春红三色插入其花丛，间集而成文章，他时盛开灿然若锦”。此时开中国插 花技术之先河。在明代，亳州牡丹虽有盛名，但曹州（今山东菏泽），国都北京牡丹栽培也逐渐繁盛起来。
江南太湖周围，西北的兰州、临夏也有所发展。曹州与亳州皆于明代嘉靖（1522～1567）年间引入牡丹，也同于万历（1573-1620）年间达到繁盛。两地之间相互交换品种，“曹花多移自亳” （清•余鹏年《曹州牡丹谱》）；亳州也引进入不少曹州名品，如《亳州牡丹史》中记载一种“金玉交辉”的品种，说是：“曹州所出，为第一品。”又有“忍济红”“萍实红”两种，也产于曹州。《曹南牡丹谱》亦云：“至明曹南牡丹甲于海内。”曹州一士人家，牡丹有种至四十亩者，多到一、二千株，少者数百株。”（《五杂俎》）。由此可以看出，现今牡丹的主要产地菏泽，在明代就已开始繁盛了。 北京自辽、金建都于此，牡丹栽培日渐兴盛。明代的《北京考》上记载辽圣宗（公元982-1031）在统和12年（995年）三月去长春宫观赏牡丹。在明代，牡丹栽培极盛，“金殿内外尽植牡丹”。城外还有三大名园梁家园、清华园和惠安园。
在江南，明代以江阴牡丹为盛。此外杭州、苏州、上海也有不少种植。广西灌阳也产牡丹，据明代《广西通志》记载，在广西“牡丹出灵川、灌阳，灌阳牡丹有高一丈者，其地名小洛阳。” 清代（公元1644-1911年），曹州牡丹的栽培就更盛了，取亳州而代之。《曹县志》云：“牡丹非土产也，初盛于雒下（今陕西省雒南县），再盛于亳州，彼时已六、七百种，分五色排列，叙至于今，亳州寂寥，而盛事悉归曹州。”“曹州园户种花如种黍粟，动以顷计，盖连畦接畛也。”（《曹州牡丹谱》）。蒲松龄在他写的《聊斋志异》一书中，也曾有“曹州牡丹甲齐鲁”的记述。这时，曹州城东北各村栽培牡丹已很普遍。有以养花为业者，成园成圃者很多，其中尤以王李庄、洪庙、毛庄、赵楼各村为冠。道光年间赵玉田在村北建花园，专养牡丹、芍药，集本村之大成，园之周围树之以桑为篱，名曰“桑篱园”。著有《桑篱园牡丹谱》，其中记述了151种，内称：“山左十郡二州，语牡丹则曹州独也。曹州十邑一州，语牡丹则菏泽独也。”“菏泽为郡为里者，不知其几，语牡丹之出，惟有城北之一隅，鲁山之阳，范堤之外，连延褒不能十里。”其后，有《绮园牡丹谱》，核其名者百四十有奇。并云：“谷雨后往观，见姹紫嫣红，含蕊皆放，交错如锦，夺目如霞，灼灼似群玉之竞集，煌煌若五色之相宣。”当时栽培面积已达 500多亩，每年输出十余万株，运往广州、天津、北京、汉口西安、济南等地出售。其中运往广州者为最多，收益亦大。当地农民流传着这样一句民谚：“种果树莫若木瓜、柿子，养花木还是牡丹、芍药。”再加上社会上的爱好，菏泽人善于种花，以及牡丹根皮可供药用，所以菏泽牡丹，常期发展，历久不衰 。在清代，甘肃大部分地区也有牡丹栽培。而以兰州、临夏、临洮一带为栽培中心地。清末编篡的《甘肃新通志》曾有牡丹在甘肃“各州府都有，惟兰州较盛，五色具备”的记载。延安万花山，位于杜甫川内花源头村对面，这里盛产牡丹。清•嘉靖修《延安府志》中记有“花源头产牡丹极多，樵者以之为薪。”附近群众有在农历四月初八到此赏花的习俗，已有一千多年的历史。
江南牡丹中有宁国牡丹和铜陵牡丹。据1936年编《宁国县志》载，“宁国、蟠龙素产牡丹，以白、黄为贵。”关于铜陵牡丹，据《铜陵县志》载：“仙牡丹长山石窦中，有白牡丹一株，素艳绝丽。相传为葛洪所种。”葛洪为晋代人，按此传说，以有1600年的历史。 新中国成立后，中国牡丹得到恢复和发展。目前，菏泽牡丹栽培面积已达5万余亩，600多个品种，已成为世界上面积最大、品种最多的中国牡丹栽培、观赏、科研中心，堪称世界之最。 中国牡丹栽培的历史，形成以黄河中、下游为主要栽培中心，其它地区为次栽培中心或重要栽培地的格局。随着朝代的更迭，牡丹栽培中心随之变换，但主要栽培中心始终位于黄河中、下游地区。其转移过程为：洛阳（隋）—长安（唐）—洛阳（五代、宋）—亳州、曹州（明）—曹州（清）。这是中国牡丹品种群形成和发展的主线。除此之外，还有几个发展中心：一是长江三角洲、太湖周围及皖东南；二是四川盆地西北隅的成都、彭州；三是甘肃的兰州、临夏；四是广西的灌阳。已有1650年左右的历史。栽培品种从单瓣花逐步演化成复瓣、重瓣乃至台阁型。促使牡丹品种向重瓣化演进的主动力是良好的栽培条件。已知将品种的优良性壮和枝变，通过嫁接固定下来，由之，新品种大量涌现。
总之，从唐代起，就推崇牡丹为“国色天香”，由于历代举国一致地珍视和喜爱，掀起了一次次的牡丹热潮。实际上已经赋予牡丹以国花的地位。尽管朝代更迭，花王牡丹，统领群芳，国色天香的崇高地位，从未动摇！牡丹在中国人民心目中，影响之深远，声望之显赫，地位之尊容，是其它花卉所不可企及的。
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