一个母亲为了让孩子生下来，果断的抛弃了自己年轻的生命，孩子似乎也在为了妈妈的离去感到十分悲痛。孩子刚出生就拉扯着嗓子，哇哇大哭。
恰巧，天上的太白金星经过这里看到了一个小孩子在大声哭泣，旁边还有一个魂不守舍的老奶奶。太白大仙觉得这个小孩可怜，就把手中的神笔给了小孩。并将他抚养长大。
转眼间，当年的小孩已经成了京城的恶棍，不管大仙怎样调教，他都不听，反而还用神笔打伤了大仙。大仙一怒之下，独自回了天空。 他并不知道人间糟了多少苦难。
忽然，京城来了一个大混世魔王，拿着神笔的他并不畏惧这个所谓的“混世魔王” 。相反，他十分挑衅的说，这么瘦胳膊瘦腿，弱不禁风的林黛玉模样，还自称混世魔王。哼……..
混世魔王听到这样的污蔑就打响了战斗之枪，仅过了七七四十九天的混战，神笔被混世魔王控制了，再也无法发挥出神力，失去神笔的小子再也无法作战。因此他就安慰自己说 ，君子报仇十年不晚，你等着，过几天有你好看的。神笔小孩就开始翻阅古书，寻找报仇雪恨的方法，经过了三天三夜，他似乎看到了黎明的曙光。在火焰山的地下100处有一座奇世宝藏，里面的稀奇宝贝如：卡桑德兰大帝的魔剑对抗那个小子绰绰有余。第二天，神笔小子在京城雇佣了两个壮士，踏上了寻宝的征途。
经过了荆棘的森林；游过了波涛汹涌的大海，穿过了美丽又凶险的大峡谷；爬上了壮观的大山；淌过清澈见底的小溪。历经千辛万苦，壮士们 也被无情的大海吞噬了，神笔小子来到了火焰山的。疲惫不堪的的他在心里鼓励自己，胜利就在眼前，坚持住。神笔小子咬牙用手挖掘的火焰山，双手血淋淋的………正当自己绝望的时候，火焰山发生了爆炸这似乎是老天对他的恩赐。他自己被爆飞到了金碧辉煌的殿堂。遍体鳞伤的他缓缓地爬着到处瞧瞧，
看到了传说中的宝剑，他欣喜若狂的站了起来伸出了颤颤的发抖的手，但是宝剑怎么也拿不起，他静心一看，发现了慈善者才能拿此剑。他回想起了自己作恶多端的时候，开始反省自己，最终如愿以偿的拿起了宝剑。神笔小子拿着宝剑往京城的方向一挥，一道彩虹剑架起了桥。小子拍拍身上的泥土大步流星的走在彩虹路上。
一回到京城，神笔小子用剑在混世魔王的胸前写了一个善字。混世魔王也弃恶从良了。京城人们也过上了安稳的日子。
