儿童性别认同障碍通常都始于4岁左右，不过，也有2岁时就发现性别认同障碍的案例。怎样诊断儿童的异常行为是否属性别认同障碍，其临床上的基本症状是：
(1)对其自身的生物学性别有着长期的、严重的不适应;(2)认为自己是异性或期望自己是异性。这些感觉和行为是长期的而且是有问题的，并表现出异性角色的行为，如像一个"顽皮的假小子"或"女人气的假小囡"。
女孩子如果有性别认同障碍，往往会因自己是女孩，而产生强烈的挫折感，由此，希望她自己是一个男孩。在有些案例中，她们甚至就认为自己已经就是男孩了。
她们常常模仿同龄男孩，讨厌传统的女孩子玩具、游戏，喜欢玩男孩的玩具，做男孩的游戏。随着其性别认同障碍日益严重，她们对其女性生理特征也会产生强烈的厌恶情绪，或拒绝接受其性生理特征，并常常幻想自己会像男孩子一样发育，或不会经历正常的女性身体发育变化。
儿童出现性别认同障碍，并不意味在成人时也会出现性别认同障碍，大部分有性别认同障碍的儿童到青春期发育时，都会恢复正常的性别角色，因此，发现孩子出现性别行为异常，父母不必过于焦虑。
不过，也有少数儿童进入青春期以后，仍处于所说"性别焦虑"或角色困惑。因此，父母对孩子的性别认同障碍应当引起重视，随时注意孩子的行为，及时找心理咨询师咨询，以帮助孩子克服困难，减轻或消除因行为异常受到的其它心理压力。
