现行的中央地方分享办法由以前的属于地方的40%的税款全部归属于企业所在地，改为25%×40%的税款由全国各地分享，这在一定程度上削弱了总机构所在地分享税款的权利，但是却会增加其他地方分享的税额。
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自2008年1月1日起，统一适用于所有内外资企业的新企业所得税法开始实施。与原来的内外资企业所得税法相比，新的企业所得税法在纳税人、应纳税所得额的计算、应纳税额的计算等方面都发生了较大的变化。其中，根据原内资企业所得税条例，独立核算的不具有法人地位的分公司就是一个独立纳税人，可以根据自己的收入、成本、费用等，计算并在当地缴纳所得税。根据原外资企业所得税法，外商投资企业的分支机构，虽然由总机构统一缴纳所得税，但是，各分支机构需要计算各自的应纳税所得和应纳税额。而根据新的企业所得税法，依据中国法律注册成立的企业，不具有法人地位的分公司不是企业所得税的纳税人。也就是说，以前因独立核算而具有纳税人资格的分公司在新法下将不再具有纳税人资格。那么，分公司应在何地纳税就成了一个需要迫切解决的问题，因为这可能导致不同地方的税收利益关系发生相应变化，跨省设立分支机构的企业在这个问题上更为突出。为解决跨省市设立分支机构的企业应纳税所得额的计算、缴纳和分享问题，财政部、国家税务总局、中国人民银行联合发布的《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》（财预[2008]10号，以下简称10号文）明确规定，跨省市设立分支机构的企业所得税，按照统一规范、兼顾总机构和分支机构所在地利益的原则，实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的办法。
一、主要内容解析
1、应纳税所得额和应纳税额的计算
“统一计算”就是居民企业应统一计算包括各个不具有法人资格营业机构在内的企业全部应纳税所得额和应纳税额。也就是说，跨省市设立分支机构的企业，应汇集各分支机构的收入、成本、费用等，统一计算应纳税所得额和应纳税额，这也符合新所得税法实施条例第125条关于“企业汇总计算并缴纳企业所得税时，应当统一核算应纳税所得额”的规定。
但是，有些企业的总机构和分支机构可能适用不同的税率，如北京某高新技术企业适用15%的税率，其设在上海的一家专门从事贸易活动的分公司可能是25%的税率。针对这种情况，10号文规定，总机构和分支机构适用税率不一致的，应分别计算应纳税所得额和应纳税额，分别按适用税率缴纳。
2、应纳税额的缴纳
为兼顾总机构和分支机构所在地的利益关系，10号文规定，总机构和分支机构应分别在当地按月或按季预缴税款，即“就地预缴”。
具体方法是：总机构根据企业本期累计实际经营成果，统一计算企业实际利润额、应纳税额。将总机构计算的应纳税额分成相等的两部分，50%由总机构缴纳，另外的50%由分支机构缴纳。如果一个总机构下设多家分支机构，则再由各分支机构按照一定的比例计算自己应在当地缴纳的税款，各分支机构的分享比例按照各自的经营收入，职工工资和资产总额三个因素和0.35、0.35、0.3的权重计算得出。具体的计算公式如下：
各分支机构应分摊预缴额=所有分支机构应分摊的预缴总额×该分支机构分摊比例
所有分支机构应分摊的预缴总额=统一计算的企业当期应纳税额×50%
该分支机构分摊比例=（该分支机构经营收入/各分支机构经营收入总额）×0.35+（该分支机构职工工资/各分支机构职工工资总额）×0.35+（该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和）×0.30
在此需要注意两个问题：一是这里的资产不包括无形资产，因为无形资产不可能属于哪个分支机构。二是虽然根据新企业所得税法第128条的规定，纳税人按照月度或季度的实际利润额预缴有困难的，可以按照上一纳税年度应纳税所得额的月度或者季度平均额预缴，但这里提到的总机构的应纳税额是根据实际经营成果计算出来，而不是根据上年度应纳税所得额的一定比例计算。
3、应纳税额的分享
“财政调库”就是在坚持目前所得税由中央和地方按照60：40的比例分享的前提下，对由总机构缴纳的部分税款，不是在中央与总机构所在地之间分配，而是由财政部在全国各地之间进行分配。目前的所得税是共享税，中央占60%，企业所在地的地方占40%.10号文在中央与地方共享的问题上，虽然没有改变目前60：40的分享比例，但是却将总机构缴纳的部分税款变成全国各地方共同分享。具体办法如下：
总机构在其所在地缴纳全部税额的50%，但是这50%又分成相等的两部分：应纳税总额的25%就地办理缴库，所缴税款由中央与总机构所在地按照60：40分享；应纳税总额另外的25%由总机构全额缴入中央国库，所缴纳税款的60%为中央收入，40%由财政部按照2004~2006年各省市三年实际分享企业所得税占地方分享总额的比例定期向各省市分配。
如果某分支机构因适用税率与总机构不一致而单独计算应纳税额的，其应纳税额也不是在该分支机构所在地缴纳，而是按照10号文的方法在总分机构之间分配。表1比较清晰地表示了应纳税额在总分机构之间、中央地方之间的分配关系。
4、汇算清缴
10号文规定：各分支机构不进行企业所得税汇算清缴，统一由总机构按照相关规定进行。总机构所在地税务机关根据汇总计算的企业年度全部应纳税额，扣除总机构和分支机构已预缴的税款，多退少补。
5、征收管理
税收征管的一个基本原则是属地征管，也就是说纳税人要接受其所在地主管税务机关的监管，这样有利于提高征管效率，节约纳税人的成本。由于企业所得税采取由总分机构分别预缴的方式，所以其征管也采取分级管理的原则，即居民企业总机构、分支机构，分别由所在地主管税务机关属地进行监督和管理。居民企业总机构、分支机构所在地的主管税务机关都有监管的责任，居民企业总机构、分支机构都要办理税务登记并接受所在地地主管税务机关的监管。
6、适用范围
10号文适用于跨省市总分机构企业也就是跨省（自治区、直辖市和计划单列市）设立的不具有法人资格营业机构的企业。但是，有些企业的分支机构情况比较特殊，如分支机构下面还有分支机构；有些分支机构从事生产经营活动，有的则不从事生产经营活动。对此，10号文明确规定，实行就地预缴企业所得税办法的企业暂定为总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构。三级及三级以下分支机构，其经营收入、职工工资和资产总额统一计入二级机构测算。不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳营业税、增值税的产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的二级分支机构以及上年度符合条件的小型微利企业及其分支机构，不实行上述办法。
二级分支机构是直接隶属于总机构的分支机构。适用上述办法的分支机构限于二级分支机构，操作相对简单。不具有主体生产经营职能的分支机构一般没有收入，所以不适用上述办法也在情理之中。
对于居民企业在境外设立分支机构的，10号文规定，居民企业在境外设立的不具有法人资格的营业机构，不实行本办法。企业按本办法计算有关分期预缴企业所得税时，其实际利润额、应纳税额及分摊因素数额，均不包括境外营业机构。
此外，也不是所有跨省设立总分机构的企业都适用上述办法。铁路运输企业（包括广铁集团和大秦铁路公司）、国有邮政企业、中国工商银行、中国农业银行、中国银行、中国建设银行、中石油、中石化等企业缴纳的企业所得税（包括滞纳金、罚款收入）为中央收入，全额上缴中央国库，不实行本办法。上述企业的所得税应该由总机构全额上缴中央财政，分支机构不用在当地纳税。
二、分析与评价
1、对企业组织形式的潜在影响
10号文虽然解决了总分机构所在地的利益关系，但对居民企业而言，是设立具有法人地位的子公司还是不具有法人地位的分公司，对子公司或分公司所在地的利益影响是不同的，有可能导致地方税务机关干预企业的组织形式。比如一家分公司生产经营情况较好，自己单独计算的应纳税额大于按照10号文计算分配的税额，当地税务机关有可能要求分公司变成子公司；反之，税务机关有可能希望子公司变成分公司。但对企业而言，子公司是独立纳税人，盈亏不能在企业间互抵，而分公司间的盈亏是可以互抵的，从这一点看，纳税人希望设立分公司形式。
2、总分机构税款分享办法的优缺点
应纳税额在总分机构之间的分享采用50：50的比例，操作比较简单，但在某些情况下，可能导致税额分配的不合理。如总机构在北京，承担主要的生产经营活动，在天津设立一分公司，只有少量的经营活动，但是天津分公司也可以分享50%的应纳税额。
3、中央地方税款分享方法的优缺点
现行的中央地方分享办法由以前的属于地方的40%的税款全部归属于企业所在地，改为25%×40%的税款由全国各地分享，这在一定程度上削弱了总机构所在地分享税款的权利，但是却会增加其他地方分享的税额。由于设在沿海经济发达地区的总机构相对较多，这种办法有利于平衡发达地区和落后地区之间的利益关系。
4、用于分摊的税额的计算方法
根据10号文，如果总机构在境外设有分支机构，则用于分摊的税额不应包括境外分支机构的应纳税额。这种做法有一定道理，也有利于保证中央财政的收入。但在操作上纳税人需要计算两个应纳税额，一个是境内总分机构的应纳税额，一个是境外分支机构的应纳税额，相应填写两张申报表，如果境内分支机构适用的税率不一致，还要再另外计算应纳税额，另外填写一张申报表，这种处理方法会给纳税人增加许多额外的负担。
5、分支机构征管的真空
虽然分支机构向其所在地申报纳税，分支机构所在地税务机关也有监管的责任，但是由于分支机构向当地缴纳的税额是由总机构分摊过来的，这将导致分支机构所在地税务机关的监管苍白无力，而总机构所在地税务局也难以对设在外地的分支机构进行有效监管。所以，如何协调税务局之间的监管关系，将是所得税征管面临的一个难题。
