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(1)剂量过大或疗程过长：尤其是使用有毒中药或含有有毒成分的中成药时，剂量过大或疗程过长是最常见的引起中药不良反应或药源性疾病的因素。
(2)用药不当：中医用药“辨证施治”，用药不对证往往得不到应有的效果，有时反而引起不良反应。此外，误服、乱用、给药途径不正确等亦常导致中药不良反应或药源性疾病。
(3)药材品种混乱，炮制(制剂)质量欠佳：药物质量问题，如中药材质量、品种、产地、采收、加工、农药残留及炮制不规范等问题均影响饮片质量。中成药制备方法不当或原药材质量低劣，中药注射剂质量欠佳等，亦可导致中药不良反应或药源性疾病的产生。
(4)中成药组方不合理：中药汤剂配伍不合理，中、西药不合理联合应用等。
(5)个体差异：过敏体质的病人易引起药物过敏反应，又称药物变态反应，是引起中药不良反应的重要因素。此外，病人年龄、性别、体质等情况的差异，婴幼儿因肝肾功能发育不全，老年人则因肝肾功能衰退，对某些药物易发生中毒，均应引起特别注意。
(6)管理不完善：中药因来源于植物、动物和矿物，缺少像化学药品那样有一定的质量标准，因此内在质量变化很大。长期以来，我国对药品未严格实施分类管理制度，一些有毒中药材或含有毒药成分的中成药在流通和使用领域里未能得到严格控制，可被任意购买，而不加以警告或标示，以致滥用、误用，造成中毒。有的中成药中含有药理作用较强的化学药物，使病人因掌握不好剂量而出现不良反应。如消渴丸造成低血糖休克，甚至死亡，屡有报道。另外，业务人员专业素质不高，农村游医、药贩取缔不力，亦是造成中药药源性疾病的一个原因。
