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气相色谱分析主要包括细菌代谢产物和细胞成分的分析。
(1)厌氧菌代谢产物的气相色谱分析：厌氧菌的特点之一为代谢过程中产生各种挥发性和非挥发性短链脂肪酸以及醇类产物。不同菌属与菌种所产生脂肪酸、醇的种类和数量不同，因此可用气相色谱分析鉴定。厌氧菌产生的挥发性脂肪酸有醋酸、丙酸、丁酸、异丁酸、戊酸、异戊酸、己酸、异己酸等;非挥发性脂肪酸有丙酮酸、乳酸、琥珀酸等，不能直接进行气相色谱分析，必须先用甲醇或三氟乙硼等酯化，生成甲基衍生物再行氯仿提取进行气相色谱分析。临床标本(如脓液等)中也可有脂肪酸累积，故可以乙醚或氯仿提取制谱分析，在收到标本1h内即可作出有无厌氧菌的初步诊断，但为确诊是何种厌氧菌必须作进一步鉴定。
(2)厌氧细胞成分的气相色谱分析：将细菌细胞皂化释出脂肪酸，加入甲醇甲基化后进行气相色谱分析，鉴定结果客观，重复性好。
3.免疫学检查及其他荧光抗体技术(包括直接和间接)能成功地识别各种厌氧菌(如类杆菌、梭菌、梭形杆菌、短棒菌苗等)。临床厌氧菌感染中，致病菌以脆弱类杆菌(Bf)最为常见。国外虽有荧光抗体商品，但价格昂贵。国内学者从分离得的Bf中，精筛出一株Bf，制备得高价免疫血清，以荧光标记后，检测Bf，阳性率达100%，而非Bf菌荧光抗体染色均为阴性;此外亦进行了间接免疫荧光法用于诊断产气荚膜梭菌(Cp)、Bf、产黑素普氏菌、核梭杆菌等感染的研究，并与细菌培养法比较，两者的符合率相当高;用免疫酶标组化诊断Cp，与培养法和荧光抗体染色法的结果进行比较，三者的阳性率基本一致，有快速诊断价值;用酶标抗体直接染色快速诊断牙周病，与培养法比较，符合率在90%以上，方法简便、实用。国内亦已开始应用BfDNA探针于临床，其敏感性为89.8%，特异性为97.3%。基因扩增技术亦已用于诊断研究。
厌氧菌感染-鉴别诊断
临床需注意与气性坏疽，破伤风及肉毒中毒症相鉴别。
