税务师事务所的质量控制制度要从税务代理关系建立之初开始，在执业人员与委托人签订代理协议时，就要注意控制执业风险，由业务主管审查协议内容，并将协议书存档备案。其执业过程中的质量控制制度主要有以下几点：
(1)税务代理的执业规范。包括税务代理执业的基本原则，控制执业风险的基本策略，税务代理各项业务执业的基本规程和操作要点，注册税务师与助理人员的职责分工。
(2)税务代理工作底稿的编制与审核。编制规范化的工作底稿并建立复查审核制，不仅可以监督执业人员的工作质量，而且能够提高税务代理的工作水平。
(3)税务代理档案管理制度。将税务代理备查类和业务类工作底稿按季整理，按年装订立卷归档。税务代理档案作为执业工作记录的原始资料保存一定的年限，对于发生的执业风险责任的确认，以及税务代理工作经验的总结都是必不可少的。
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